Testing the influence of hyperglycemia on the content of amino acids, fatty acids and selected lipids in extracellular vesicles using tof-sim

2022
research data
collection
cris.lastimport.wos2024-04-09T20:08:35Z
dc.abstract.enThe aim of the work was to prepare a library of spectra obtained by means of time of flight secondary ion mass spectrometry (ToF-SIMS). The changes in the content of selected amino acids and lipids in samples of extracellular vesicles (EVs) were investigated with the help of obtained spectra. EVs samples were isolated from human pancreatic β cells grown under normal (control) and hyperglycemic conditions, with a glucose concentration of 35 mM. Low-vacuum filtration (L-VF) and ultracentrifugation were used to separate ectosomes and exosomes. A volume of 30 µl of each sample at a concentration of 3E9 particles/ml was applied to the prepared silicon substrates and allowed to adhere during the 1-hour incubation.pl
dc.abstract.plCelem pracy było przygotowanie biblioteki widm uzyskanych metodą spektrometrii masowej jonów wtórnych z analizatorem czasu przelotu (ToF-SIMS). Za pomocą widm badano zmiany zawartości wybranych aminokwasów i lipidów w próbkach pęcherzyków zewnątrzkomórkowych (EV). Próbki EVs izolowano z ludzkich komórek β trzustki hodowanych w warunkach normalnych (kontrola) i hiperglikemicznych (stężenie glukozy 35 mM). Do oddzielenia ektosomów i egzosomów zastosowano filtrację niskopróżniową (L-VF) i ultrawirowanie. Objętość 30 µl każdej próbki w stężeniu cząstek 3E9 cząstek/ml nałożono na przygotowane podłoża krzemowe i pozostawiono do przylegania podczas 1-godzinnej inkubacji.pl
dc.affiliationWydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej : Instytut Fizyki im. Mariana Smoluchowskiegopl
dc.affiliationSzkoła Doktorska Nauk Ścisłych i Przyrodniczychpl
dc.contributor.authorMarzec, Magdalena - 166761 pl
dc.contributor.authorStępień, Ewa - 161583 pl
dc.contributor.authorRząca, Carina - 263452 pl
dc.coverage.temporal2020-09-01 – 2022-03-21pl
dc.date.accessioned2022-04-11T16:07:18Z
dc.date.available2022-04-11T16:07:18Z
dc.date.issued2022pl
dc.description.additionalA human pancreatic β-cell line (1.1B4) was maintained in RPMI 1640 medium supplemented with 10% foetal bovine serum (FBS), 1% 200 mM L-glutamine and antibiotics - 100 μg/mL streptomycin and 100 units/mL penicillin. Half of the dishes were cultured under NG conditions (11 mM D-glucose), while the second half was grown under long-term (3 passages) HG conditions (35 mM D-glucose). Collected conditioned media were centrifuged to remove cell fragments and debris . Then, supernatants in a volume of 300 mL were concentrated using the 1000 kDa (MWCO - molecular weight cut-off) dialysis cellulose membranes (Spectra/Por Biotech) at low vacuum (−0.3 Bar) to obtain 1 ml of the EV sample. In the next step, the concentrated sample was centrifuged to remove apoptotic bodies. The supernatant was divided into two Eppendorf tubes, which were then subjected to various fractions of EVs: mixed fraction of EVs, ectosomes fraction and exosomes fraction.pl
dc.description.grantnumber2019/33/B/NZ3/01004pl
dc.description.granttitleZależność między składem molekularnym pęcherzyków zewnątrzkomórkowych śródbłonka i beta trzustki a ich rolą w cukrzycowej dysfunkcji śródbłonka - wpływ na właściwości błony komórek docelowychpl
dc.description.sponsorshipNarodowe Centrum Nauki (NCN)pl
dc.description.version1pl
dc.identifier.doi10.26106/amhp-pm24pl
dc.identifier.urihttps://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/290845
dc.languageengpl
dc.pbn.affiliationDziedzina nauk ścisłych i przyrodniczych : nauki fizycznepl
dc.rightsUdzielam licencji. Uznanie autorstwa 4.0 Międzynarodowa*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode.pl*
dc.subject.enToF-SIMSpl
dc.subject.enlipidomicspl
dc.subject.enhyperglycemiapl
dc.subject.enextracellular vesiclespl
dc.subject.plToF-SIMSpl
dc.subject.pllipidomikapl
dc.subject.plhiperglikemiapl
dc.subject.plpęcherzyki zewnątrzkomórkowepl
dc.subtypeCollectionpl
dc.titleTesting the influence of hyperglycemia on the content of amino acids, fatty acids and selected lipids in extracellular vesicles using tof-simpl
dc.typeResearchDatapl
dspace.entity.typePublication
cris.lastimport.wos
2024-04-09T20:08:35Z
dc.abstract.enpl
The aim of the work was to prepare a library of spectra obtained by means of time of flight secondary ion mass spectrometry (ToF-SIMS). The changes in the content of selected amino acids and lipids in samples of extracellular vesicles (EVs) were investigated with the help of obtained spectra. EVs samples were isolated from human pancreatic β cells grown under normal (control) and hyperglycemic conditions, with a glucose concentration of 35 mM. Low-vacuum filtration (L-VF) and ultracentrifugation were used to separate ectosomes and exosomes. A volume of 30 µl of each sample at a concentration of 3E9 particles/ml was applied to the prepared silicon substrates and allowed to adhere during the 1-hour incubation.
dc.abstract.plpl
Celem pracy było przygotowanie biblioteki widm uzyskanych metodą spektrometrii masowej jonów wtórnych z analizatorem czasu przelotu (ToF-SIMS). Za pomocą widm badano zmiany zawartości wybranych aminokwasów i lipidów w próbkach pęcherzyków zewnątrzkomórkowych (EV). Próbki EVs izolowano z ludzkich komórek β trzustki hodowanych w warunkach normalnych (kontrola) i hiperglikemicznych (stężenie glukozy 35 mM). Do oddzielenia ektosomów i egzosomów zastosowano filtrację niskopróżniową (L-VF) i ultrawirowanie. Objętość 30 µl każdej próbki w stężeniu cząstek 3E9 cząstek/ml nałożono na przygotowane podłoża krzemowe i pozostawiono do przylegania podczas 1-godzinnej inkubacji.
dc.affiliationpl
Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej : Instytut Fizyki im. Mariana Smoluchowskiego
dc.affiliationpl
Szkoła Doktorska Nauk Ścisłych i Przyrodniczych
dc.contributor.authorpl
Marzec, Magdalena - 166761
dc.contributor.authorpl
Stępień, Ewa - 161583
dc.contributor.authorpl
Rząca, Carina - 263452
dc.coverage.temporalpl
2020-09-01 – 2022-03-21
dc.date.accessioned
2022-04-11T16:07:18Z
dc.date.available
2022-04-11T16:07:18Z
dc.date.issuedpl
2022
dc.description.additionalpl
A human pancreatic β-cell line (1.1B4) was maintained in RPMI 1640 medium supplemented with 10% foetal bovine serum (FBS), 1% 200 mM L-glutamine and antibiotics - 100 μg/mL streptomycin and 100 units/mL penicillin. Half of the dishes were cultured under NG conditions (11 mM D-glucose), while the second half was grown under long-term (3 passages) HG conditions (35 mM D-glucose). Collected conditioned media were centrifuged to remove cell fragments and debris . Then, supernatants in a volume of 300 mL were concentrated using the 1000 kDa (MWCO - molecular weight cut-off) dialysis cellulose membranes (Spectra/Por Biotech) at low vacuum (−0.3 Bar) to obtain 1 ml of the EV sample. In the next step, the concentrated sample was centrifuged to remove apoptotic bodies. The supernatant was divided into two Eppendorf tubes, which were then subjected to various fractions of EVs: mixed fraction of EVs, ectosomes fraction and exosomes fraction.
dc.description.grantnumberpl
2019/33/B/NZ3/01004
dc.description.granttitlepl
Zależność między składem molekularnym pęcherzyków zewnątrzkomórkowych śródbłonka i beta trzustki a ich rolą w cukrzycowej dysfunkcji śródbłonka - wpływ na właściwości błony komórek docelowych
dc.description.sponsorshippl
Narodowe Centrum Nauki (NCN)
dc.description.versionpl
1
dc.identifier.doipl
10.26106/amhp-pm24
dc.identifier.uri
https://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/290845
dc.languagepl
eng
dc.pbn.affiliationpl
Dziedzina nauk ścisłych i przyrodniczych : nauki fizyczne
dc.rights*
Udzielam licencji. Uznanie autorstwa 4.0 Międzynarodowa
dc.rights.uri*
http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode.pl
dc.subject.enpl
ToF-SIMS
dc.subject.enpl
lipidomics
dc.subject.enpl
hyperglycemia
dc.subject.enpl
extracellular vesicles
dc.subject.plpl
ToF-SIMS
dc.subject.plpl
lipidomika
dc.subject.plpl
hiperglikemia
dc.subject.plpl
pęcherzyki zewnątrzkomórkowe
dc.subtypepl
Collection
dc.titlepl
Testing the influence of hyperglycemia on the content of amino acids, fatty acids and selected lipids in extracellular vesicles using tof-sim
dc.typepl
ResearchData
dspace.entity.type
Publication
Affiliations

* The migration of download and view statistics prior to the date of April 8, 2024 is in progress.

Views
81
Views per month
Views per city
Krakow
10
Beijing
7
Ashburn
5
Warsaw
4
Dublin
2
Jeonju
2
Leicester
2
Lomé
2
Moscow
2
Sariyer
2
Downloads
Prenole_pos_ALL.xlsx
11
Glicerolipidy_BETA.xlsx
9
Kwasy_tłuszczowe_OPUS_I.xlsx
7
Glicerofosfolipidy_BETA.xlsx
7
Aminokwasy_BETA.xlsx
5
Sfingolipidy.xlsx
3
Sterole_pos_ALL.xlsx
2