Simple view
Full metadata view
Authors
Statistics
Analiza jądrowej lokalizacji białka MCPIP1 w komórkach linii HepG2
MCPIP1, stan zapalny, transport jądrowy, sygnał lokalizacji jądrowej, sygnał eksportu jądrowego.
MCPIP1, inflammation, nuclear transport, nuclear localization signal, nuclear export signal.
ZC3H12A jest genem kodującym białko MCPIP1 (Monocyte chemoattractant protein-induced protein 1), które odgrywa istotną rolę w rozwoju stanu zapalnego. Został opisany po raz pierwszy w 2006 roku, jako nieznany dotychczas gen, którego ekspresja ulega indukcji po stymulacji makrofagów chemokiną MCP-1 [1, 2]. Prócz MCP-1, również cytokiny prozapalne takie jak IL-1b, TNFα, a także LPS aktywują ekspresję ZC3H12A [3, 4].Pierwotnie MCPIP1 opisane zostało jako białko jądrowe o funkcji czynnika transkrypcyjnego [1], jednak dane te nie zostały później potwierdzone. Ponadto, MCPIP1 został opisany również jako białko związane z cytoszkieletem komórki (aktyną) [4], oraz jako białko, które po nadekspresji formuje granule, pokrywające się przestrzennie z ciałkami GW/P, biorącymi udział w trawieniu transkryptów [5]. Różne doniesienia nie pozwalają jednoznacznie stwierdzić, czy białko MCPIP1 może lokować się w jądrze, a jeśli tak, to w jakich warunkach oraz jaką rolę może tam pełnić. Zbadanie hipotezy o jądrowej lokalizacji białka MCPIP1 było celem niniejszej pracy.W prezentowanej pracy przedstawiono wyniki dotyczące lokalizacji białka MCPIP1 w komórkach ludzkiego wątrobiaka HepG2. Przeprowadzone barwienia immunocytochemiczne pokazały, że endogenna forma białka jest obecna w jądrze. Następnie przy pomocy programu bioinformatycznego ELM [6, 7] wyszukano, a następnie zmutowano sekwencje, które mogłyby odpowiadać za jądrową lokalizację MCPIP1. Komórki stransfekowano stworzonymi konstruktami pozbawionymi sygnałów lokalizacji jądrowej (MCPIP1-NLS1+2) i eksportu jądrowego (MCPIP1-NES1+2), a także dziką formą białka. Barwienie immunocytochemiczne nie wykazało obecności nadekspresjonowanego MCPIP1 w jądrze, mimo że w analizie western blot odnotowano obecność dzikiej, nadekspresjonowanej formy tego białka we frakcji jądrowej. Uzyskany wynik barwienia nie pozwolił na ocenę funkcjonalności wyszukanych sekwencji sygnałowych. Sprawdzono także, czy wzmożona indukcja endogennej formy wpływa na jego lokalizację w komórkach. Stwierdzono, że po stymulacji komórek inhibitorami proteasomu: MG-132 [8, 9] oraz epoksomycyną [10], wzrost ekspresji endogennej formy MCPIP1 obserwuje się zarówno w jądrze jak i cytoplazmie.Podsumowując, w pracy wykazano jądrową i cytoplazmatyczną lokalizację białka MCPIP1, która zmienia się pod wpływem transfekcji.
ZC3H12A is a gene encoding MCPIP1 protein (Monocyte chemoattractant protein-induced protein 1), which plays an important role during inflammation. It was described for the first time in 2006, as a previously unknown gene which expression was significantly induced after macrophage stimulation with MCP-1 chemokine [1, 2]. In addition to MCP-1, other inflammatory cytokines such as IL-1b, TNFα and LPS [3, 4] also activated expression of ZC3H12A gene.MCPIP1 was originally described as a transcription factor [1], however this data have not been confirmed. Moreover, MCPIP1 was described as a protein associated with cytoskeleton (actin) [4] and was also detected in GW/P bodies that are involved in transcripts degradation [5]. Importantly, it is still unclear whether MCPIP1 is present in the nucleus, and if so, under which conditions. Additionally, there are no data demonstrating MCPIP1 function in the nucleus. The aim of this thesis was to evaluate a cellular localization of MCPIP1 in human hepatoma cell line (HepG2).Immunocytochemistry stainings showed that endogenous form of MCPIP1 protein is present both in the nucleus and cytoplasm of HepG2 cells. Next, based on the in silico study a potential signaling sequences in the MCPIP1 protein were localized and mutated [6, 7]. We generated two constructs: first one encoding a protein devoid of nuclear localization signals (MCPIP1-NLS1+2) and second one: a protein without nuclear export signals (MCPIP1-NES1+2). Transient overexpression studies followed by immunocytochemistry staining did not show overexpression of MCPIP1 in the nucleus, although western blot analysis revealed the presence of overexpressed wild type MCPIP1 in the nuclear fraction. Lack of detectable amount of MCPIP1 in the nucleus did not allow to evaluate if mutated sequences play a role in subcellular protein localization. It was also examined whether induction of endogenous MCPIP1 affects its localization in the cell. It was found that HepG2 stimulation with proteasome inhibitor MG-132 [8, 9] and epoxomicin [10], increased expression of endogenous MCPIP1 in the nucleus and cytoplasm. In conclusion, study proved nuclear and cytoplasmic localization of endogenous MCPIP1 in HepG2 cells, which changed after transient MCPIP1 overexpression.
dc.abstract.en | ZC3H12A is a gene encoding MCPIP1 protein (Monocyte chemoattractant protein-induced protein 1), which plays an important role during inflammation. It was described for the first time in 2006, as a previously unknown gene which expression was significantly induced after macrophage stimulation with MCP-1 chemokine [1, 2]. In addition to MCP-1, other inflammatory cytokines such as IL-1b, TNFα and LPS [3, 4] also activated expression of ZC3H12A gene.MCPIP1 was originally described as a transcription factor [1], however this data have not been confirmed. Moreover, MCPIP1 was described as a protein associated with cytoskeleton (actin) [4] and was also detected in GW/P bodies that are involved in transcripts degradation [5]. Importantly, it is still unclear whether MCPIP1 is present in the nucleus, and if so, under which conditions. Additionally, there are no data demonstrating MCPIP1 function in the nucleus. The aim of this thesis was to evaluate a cellular localization of MCPIP1 in human hepatoma cell line (HepG2).Immunocytochemistry stainings showed that endogenous form of MCPIP1 protein is present both in the nucleus and cytoplasm of HepG2 cells. Next, based on the in silico study a potential signaling sequences in the MCPIP1 protein were localized and mutated [6, 7]. We generated two constructs: first one encoding a protein devoid of nuclear localization signals (MCPIP1-NLS1+2) and second one: a protein without nuclear export signals (MCPIP1-NES1+2). Transient overexpression studies followed by immunocytochemistry staining did not show overexpression of MCPIP1 in the nucleus, although western blot analysis revealed the presence of overexpressed wild type MCPIP1 in the nuclear fraction. Lack of detectable amount of MCPIP1 in the nucleus did not allow to evaluate if mutated sequences play a role in subcellular protein localization. It was also examined whether induction of endogenous MCPIP1 affects its localization in the cell. It was found that HepG2 stimulation with proteasome inhibitor MG-132 [8, 9] and epoxomicin [10], increased expression of endogenous MCPIP1 in the nucleus and cytoplasm. In conclusion, study proved nuclear and cytoplasmic localization of endogenous MCPIP1 in HepG2 cells, which changed after transient MCPIP1 overexpression. | pl |
dc.abstract.pl | ZC3H12A jest genem kodującym białko MCPIP1 (Monocyte chemoattractant protein-induced protein 1), które odgrywa istotną rolę w rozwoju stanu zapalnego. Został opisany po raz pierwszy w 2006 roku, jako nieznany dotychczas gen, którego ekspresja ulega indukcji po stymulacji makrofagów chemokiną MCP-1 [1, 2]. Prócz MCP-1, również cytokiny prozapalne takie jak IL-1b, TNFα, a także LPS aktywują ekspresję ZC3H12A [3, 4].Pierwotnie MCPIP1 opisane zostało jako białko jądrowe o funkcji czynnika transkrypcyjnego [1], jednak dane te nie zostały później potwierdzone. Ponadto, MCPIP1 został opisany również jako białko związane z cytoszkieletem komórki (aktyną) [4], oraz jako białko, które po nadekspresji formuje granule, pokrywające się przestrzennie z ciałkami GW/P, biorącymi udział w trawieniu transkryptów [5]. Różne doniesienia nie pozwalają jednoznacznie stwierdzić, czy białko MCPIP1 może lokować się w jądrze, a jeśli tak, to w jakich warunkach oraz jaką rolę może tam pełnić. Zbadanie hipotezy o jądrowej lokalizacji białka MCPIP1 było celem niniejszej pracy.W prezentowanej pracy przedstawiono wyniki dotyczące lokalizacji białka MCPIP1 w komórkach ludzkiego wątrobiaka HepG2. Przeprowadzone barwienia immunocytochemiczne pokazały, że endogenna forma białka jest obecna w jądrze. Następnie przy pomocy programu bioinformatycznego ELM [6, 7] wyszukano, a następnie zmutowano sekwencje, które mogłyby odpowiadać za jądrową lokalizację MCPIP1. Komórki stransfekowano stworzonymi konstruktami pozbawionymi sygnałów lokalizacji jądrowej (MCPIP1-NLS1+2) i eksportu jądrowego (MCPIP1-NES1+2), a także dziką formą białka. Barwienie immunocytochemiczne nie wykazało obecności nadekspresjonowanego MCPIP1 w jądrze, mimo że w analizie western blot odnotowano obecność dzikiej, nadekspresjonowanej formy tego białka we frakcji jądrowej. Uzyskany wynik barwienia nie pozwolił na ocenę funkcjonalności wyszukanych sekwencji sygnałowych. Sprawdzono także, czy wzmożona indukcja endogennej formy wpływa na jego lokalizację w komórkach. Stwierdzono, że po stymulacji komórek inhibitorami proteasomu: MG-132 [8, 9] oraz epoksomycyną [10], wzrost ekspresji endogennej formy MCPIP1 obserwuje się zarówno w jądrze jak i cytoplazmie.Podsumowując, w pracy wykazano jądrową i cytoplazmatyczną lokalizację białka MCPIP1, która zmienia się pod wpływem transfekcji. | pl |
dc.affiliation | Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii | pl |
dc.area | obszar nauk przyrodniczych | pl |
dc.contributor.advisor | Kotlinowski, Jerzy | pl |
dc.contributor.author | Kukla-Bartoszek, Magdalena | pl |
dc.contributor.departmentbycode | UJK/WBBB | pl |
dc.contributor.reviewer | Rokita, Hanna - 131675 | pl |
dc.contributor.reviewer | Kotlinowski, Jerzy | pl |
dc.date.accessioned | 2020-07-26T12:48:49Z | |
dc.date.available | 2020-07-26T12:48:49Z | |
dc.date.submitted | 2015-06-18 | pl |
dc.fieldofstudy | biochemia | pl |
dc.identifier.apd | diploma-95803-132804 | pl |
dc.identifier.project | APD / O | pl |
dc.identifier.uri | https://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/203320 | |
dc.language | pol | pl |
dc.subject.en | MCPIP1, inflammation, nuclear transport, nuclear localization signal, nuclear export signal. | pl |
dc.subject.pl | MCPIP1, stan zapalny, transport jądrowy, sygnał lokalizacji jądrowej, sygnał eksportu jądrowego. | pl |
dc.title | Analiza jądrowej lokalizacji białka MCPIP1 w komórkach linii HepG2 | pl |
dc.title.alternative | Analysis of MCPIP1 protein nuclear localization in HepG2 cell line | pl |
dc.type | master | pl |
dspace.entity.type | Publication |