Genotypic analysis of Candida non-albicans fungi isolated from intensive care units patients

The incidence of fungal infections in critically ill patients is growing in last decades. An Intensive Care Unit is a hospital department the most exposed to nosocomial infections, that are the reason of complications and health hazard. It’s mainly associated with greater use of broad spectrum antibiotics, immunosupression therapy and invasive monitoring, nutrition which facilitate deep penetration of fungi. The Candida is the main pathogen causing nosocomial fungal infections among patients hospitalized in ICU, especially C. albicans. However, there is a growing share of the species non – albicans, such as C. glabrata, C. krusei or C. tropicalis.Increasingly, the diagnosis of fungal infections used molecular methods based on PCR.The aim of the study was molecular typing of 31 clinical isolates of Candida spp. (C. glabrata – 15 strains, C. krusei – 9 strains, C. tropicalis – 7 strains) obtained from patients hospitalized in the ICU and to determine their genetic relatedness. In studies PCR – RAPD method with primers HP1247, OPE-3 and OPE-18 was used. HP1247 primer showed the highest discriminatory power for differentiation of C. krusei and C. tropicalis strains, although in the molecular typing of C. glabrata the best was OPE-3 primer.It has been shown high diversity and intraspecific tested strains, demonstrated that the majority of fungal infections in the ICU is the endogenous substrate.

Częstość występowania infekcji grzybiczych u krytycznie chorych wzrosła w ostatnich dekadach. Oddział Intensywnej Terapii jest oddziałem najbardziej narażonym na występowanie zakażeń szpitalnych, które są przyczyną powikłań i zagrażają życiu pacjentów. Związane jest to przede wszystkim z intensywną antybiotykoterapią, częstym wywoływaniem immunosupresji i licznymi zabiegami ułatwiającymi przenoszenie grzybów do głębokich tkanek. Głównym czynnikiem etiologicznym zakażeń grzybami u pacjentów leczonych w OIT są grzyby z rodzaju Candida, w tym gatunek C. albicans. Obserwuje się jednak rosnący udział gatunków non – albicans, takich jak C. glabrata, C. krusei czy C. tropicalis.Coraz częściej, w diagnostyce zakażeń grzybiczych wykorzystuje się metody molekularne oparte na reakcji PCR.Celem pracy była analiza genotypów 31 szczepów Candida spp. (C. glabrata – 15 szczepów, C. krusei – 9 szczepów, C. tropicalis – 7 szczepów) izolowanych od pacjentów hospitalizowanych w OAiIT oraz określenie ich genetycznego pokrewieństwa. W badaniach zastosowano metodę PCR – RAPD z wykorzystaniem primerów: HP1247, OPE-3 i OPE-18. Primer HP1247 wykazał największą siłę dyskryminacyjną w genotypowaniu szczepów C. krusei i C. tropicalis, natomiast do typowania genetycznego szczepów C. glabrata najlepszy był primer OPE-3. Wykazano duże zróżnicowanie wewnątrzgatunkowe badanych szczepów oraz dowiedziono, że większość zakażeń grzybiczych w OIT ma podłoże endogenne.