Yin Yang 1 protein folding studies.

Yin Yang 1 protein (YY1) is a multifunctional transcription factor with ability to initiate, activate and repress transcription. The YY1 contains four C2H2-type zinc-finger motifs in C-terminus domain. N-terminus domain exhibits properties of an intrinsically disordered region. In this thesis, the effect of the addition exogenous factors on conformation of the full length protein and its N-terminal domain was analyzed. The influence of low-molecule osmolytes (glucose, glycerol, sucrose); TFE (the inducer of secondary structures creation) and macromolecules (Ddextran 40, Dextran 70 and Ficoll 70), used as crowding agents was examined.. The analysis of changes in the conformation of the main polypeptide chain was performed by using measurements of far-UV CD spectra. A blue shift of maxima of fluorescence emission of tryptophan residues indicated changes in the tertiary structure. The temperature dependence of structure was examined by measurements of far-UV CD spectra for both proteins in the temperature range 5-95ºC. The results show that the presence of crowding agents, TFE and the increase in temperature causes aggregation, due to protein folding. It was observed the difference as well in the degree of aggregation as in changes of the structure for the YY1 and YY1 NTD.

Białko Yin Yang 1 (YY1) jest wielofunkcyjnym czynnikiem transkrypcyjnym uczestniczącym w aktywacji, represji oraz inicjacji transkrypcji. Białko to w swojej strukturze posiada 4 palce cynkowe w domenie C-końcowej, N-końcowa domena wykazuje własności regionu nieustrukturyzowanego. W pracy badano wpływ czynników egzogennych na strukturę drugo- i trzeciorzędową białka pełnej długości oraz jego N-końcowej domeny. Analizowano wpływ niskocząsteczkowych osmolitów (glukoza, glicerol, sacharoza), trifluoroetanolu (czynnik stosowany, jako induktor tworzenia struktur drugorzędowych w łańcuchu polipeptydowym) oraz związków makrocząsteczkowych, wytwarzających zatłoczenie makromolekularne (Dextran 40, Dextran 70 oraz Ficoll 70). Analizę zmian w konformacji głównego łańcucha polipeptydowego prowadzono za pomocą pomiarów widm CD w dalekim UV. Zmiany w sposobie przestrzennego upakowania obserwowano na podstawie zmian położeń maksimów emisji fluorescencji reszt tryptofanowych. Przeprowadzono także badanie zależności ustrukturalnienia obu białek od temperatury wykonując pomiary dichroizmu kołowego w dalekim UV w zakresie temperatur 5-95ºC. Powyższe badania wykazały, iż obecność związków makrocząsteczkowych, TFE oraz wzrost temperatury powoduje agregację, wynikającą z ustrukturyzowania łańcucha białek. Stopień agregacji oraz zmiany w ustrukturyzowaniu były odmienne dla YY1 i YY1 NTD.