Polymorphisms in SLC24A4 gene and TPCN2gene and association with pigmentation traits and susceptibility to skin cancers.

Differences in pigmentation phenotype are determined by the amount, type and distribution of the pigment-melanin. The pigment is produced in a complex biochemical process called melanogenesis in which numerous enzymatic, structural, regulatory and receptor proteins are involved. The natural variety of pigmentation traits is thought to be controlled by more than 120 pigmentation genes. It is also suggested that mutations in certain genes associated with pigmentation can play role in susceptibility to skin cancers: melanoma and basal cell carcinoma.The subject of this study are three polymorphic position: rs12896399, rs35264875, rs3829241 within two genes SLC24A4 and TPCN2 which are associated with pigmentation traits. SLC24A4 and TPCN2 genes are members of the calcium ion transporter group. It seems that this group of proteins should be acknowledged as particularly interesting from the stand point of pigmentation. The aim of this study was to identify associations of three polymorphisms with inheritance of eye, hair, skin colour and susceptibility to skin cancers. The study was performed on a population of 718 Polish people with defined pigmentation phenotype and health status. Three SNP type polymorphisms were analyzed using minisequencing assay. Next, the results were examined statistically using logistic regression. The research confirmed the significant association of rs12896399 with light eye and hair colour. The correlations of rs35264875, rs3829241 with hair color were observed as well. However there were no demonstrated associations with skin colour and susceptibility to skin cancers.

Zmienność fenotypu pigmentowego zdeterminowana jest przez ilość, rodzaj oraz rozmieszczenie pigmentu – melaniny. Barwnik ten powstaje w złożonym procesie biochemicznym zwanym melanogenezą, w której przebieg zaangażowanych jest szereg białek enzymatycznych, regulatorowych, funkcjonalnych i receptorowych. Ocenia się, że naturalna zmienność cech pigmentacyjnych może pozostawać pod kontrolą ponad 120 genów. Sugeruje się również, że mutacje w niektórych genach związanych z pigmentacją mogą wpływać na predyspozycje do nowotworów skóry takich jak czerniak czy rak podstawno komórkowy. Przedmiotem przeprowadzonych badań są trzy pozycje polimorficzne; rs12896399, rs35264875, rs3829241, znajdujące się w obrębie 2 genów; SLC24A4 oraz TPCN2 dla których postuluje się związek z cechami pigmentacyjnymi człowieka. Produkty badanych genów należą do rodziny transporterów wapnia i wydają się być ciekawe z punktu widzenia pigmentacji. Celem pracy była identyfikacja asocjacji 3 pozycji polimorficznych z kolorem oczu, włosów, skóry, a także ryzykiem zachorowania na nowotwory skóry. Analizę genetyczną 718 próbek pochodzących od osób zamieszkujących południowy obszar Polski przeprowadzono z wykorzystaniem reakcji minisekwencjonowania. Następnie uzyskane wyniki poddano szczegółowym analizom statystycznym metodą regresji logistycznej. Stwierdzono istotną asocjację pozycji rs12896399 z jasnym kolorem oczu i włosów oraz asocjację pozycji rs35264875 i rs3829241 z kolorem włosów. Nie wykazano korelacji badanych wariantów genetycznych z kolorem skóry oraz predyspozycją do wystąpienia nowotworów skóry.