Description of Skyline bioinformatic software in the term of the design and analysis of the targeted proteomic experiments

Biochemiczne jakościowe i ilościowe oznaczenia białek przyczyniają się do zrozumienia funkcji białek w ścieżkach przekazu sygnału i interakcjach na poziomie komórek i tkanek, a także mogą zostać wykorzystane do identyfikacji nowych kandydatów na białkowe biomarkery chorób i działania leków. Standardowo wykorzystywana w tym celu technika Western blot ma pewne ograniczenia, które w większości można ominąć wykorzystując technikę spektrometrii mas. Szczególnie obiecującym w ostatnich latach podejściem jest analiza spektrometryczna ukierunkowana na konkretne cele białkowe, w której pomiarowi poddawane są wybrane białka. Pomiar przeprowadza się na podstawie zaprojektowanych list unikatowych peptydów i jonów potomnych reprezentujących te białka. Złożoność etapu projektowania i późniejszej analizy danych uzyskanych takimi metodami generuje potrzebę stworzenia uniwersalnych, powszechnie akceptowanych narzędzi bioinformatycznych, które wspierałyby te etapy. W niniejszej pracy przedstawiono charakterystykę oprogramowania bioinformatycznego Skyline, jako narzędzia, które może być użyte zarówno do projektowania jak i analizy danych z celowanego eksperymentu proteomicznego.

Biochemical assays for protein qualitative and quantitative measurements lead to understanding of protein function in cellular signal transduction and in facet of protein interactions within the cell or tissue. These methods may also support identifications of the candidates for a disease or drug effect biomarkers. Used as standard, Western blot approach suffers from many limitations that can be sufficiently overcome by using tandem mass spectrometry technique. Especially promising in the last few years is the targeted mass spectrometry approach, in which only subset of selected proteins and their unique transitions are subjected to the very sensitive and precise quantitative analysis. Considering complexity of the targeted experiment design stage and the further statistical analysis of obtained results, the need of establishing universal, generally accepted, bioinformatics tools is imposed. In this work, a characterization of bioinformatics tool Skyline, was performed to elucidate its application in both targeted proteins experiment design and results analysis.