Molecular analysis of Candida glabrata isolates for the presence of closely related C. bracarensis and C. nivariensis

Grzyby z gatunku Candida glabrata są jednym z ważniejszych patogenów grzybiczych oraz stanowią drugi co do częstości czynnik etiologiczny inwazyjnych kandydoz. Infekcje grzybicze z jego udziałem są często trudne do wyleczenia w wyniku obniżonej wrażliwości na leki przeciwgrzybicze. W związku z tym, grzybice wywołane przez C. glabrata mają niepokojąco wysoki wskaźnik śmiertelności, szczególnie wśród pacjentów hospitalizowanych, obarczonych czynnikami ryzyka. Dwa nowo opisane gatunki blisko spokrewnione z C. glabrata: C. nivariensis oraz C. bracarensis są również potencjalnymi czynnikami infekcji oportunistycznych. Ze względu na znaczne podobieństwo cech fenotypowych i biochemicznych wymienionych gatunków, rutynowe metody diagnostyczne nie pozwalają na ich właściwą identyfikację. Nowe szczepy są rozpowszechnione wśród pacjentów na całym świecie, a prawidłowe rozróżnienie tych gatunków od C. glabrata ma duże znaczenie dla zrozumienia ich klinicznej oraz epidemiologicznej roli w kandydozie. Celem pracy była identyfikacja genetyczna szczepów z gatunku Candida glabrata pod kątem występowania blisko spokrewnionych Candida bracarensis oraz Candida nivariensis przy użyciu metody multipleks PCR. Materiał do badań stanowiło 20 szczepów C. glabrata, izolowanych z różnych materiałów klinicznych od pacjentów hospitalizowanych w Wojewódzkim Szpitalu Specjalistycznym im. Ludwika Rydygiera w Krakowie. Analizę materiału genetycznego przeprowadzono, przy użyciu metody multipleks PCR, z zastosowaniem trzech gatunkowo specyficznych starterów: GLA-f, NIV-f, BRA-f wiążących docelowo region ITS1 rDNA oraz jednego uniwersalnego startera UNI-5.8S-r przyłączającego się do rybosomalnego genu 5.8S. Wyniki przeprowadzonych badań potwierdziły, że żaden z izolatów nie został zidentyfikowano jako C. nivariensis czy C. bracarensis. Wszystkie zbadane szczepy należały do gatunku C. glabrata. C. nivariensis oraz C. bracarensis należą do rzadko występujących czynników etiologicznych zakażeń grzybami z rodzaju Candida. Metoda multipleks PCR pozwala na zróżnicowanie drożdży z gatunku C. glabrata oraz blisko spokrewnionych z nim szczepów i może być używana w zakresie identyfikacji patogenu w infekcjach powodowanych tymi grzybami.

Fungi of the genus Candida glabrata are one of the most important fungal pathogens and the second most common etiological factor of Invasive Candidiasis. Infections of the share are often difficult to treat due to reduced susceptibility to antifungal agents. Therefore, fungal infections caused by C. glabrata have disturbingly high mortality rate, particularly among hospitalized patients, affected by risk factors. Two recently described species closely related with C. glabrata: C. nivariensis and C. bracarensis are also couse of opportunistic infections. Due to the significant similarity of phenotypic and biochemical characteristics of listed species, routine diagnostic methods do not allow for their accurate identification. The new strains are widespread among patients around the world and the proper differentiation of these species from C. glabrata becomes important to better understand their clinical significance and epidemiological role in candidiasis.The aim of the study was the molecular identification of Candida glabrata strains for the presence of closely related Candida bracarensis and Candida nivariensis using multiplex PCR method. The material included in the study were 20 strains of C. glabrata, recovered from various clinical specimens from patients hospitalized at the Regional Specialist Rydygier’s Hospital in Krakow. The analysis of genetic material was carried out using the multiplex PCR method which uses three species-specific primers: GLA-f NIV-f, BRA-f targeting the ITS1 region rDNA and one universal primer UNI-5.8S-r joins the 5.8S ribosomal gene. The results confirmed that none of the isolates was identified as C. nivariensis or C. bracarensis. All tested strains belonged to the species C. glabrata. C. nivariensis and C. bracarensis are rare etiological factors of fungal infections caused by Candida. The multiplex PCR method allows for differentiation of C. glabrata and closely related strains, and can be used for identification the pathogen in infections caused by these fungi.