Alternative transcript forms of MCPIP1

MCPIP1 jest 66 kDa białkiem o budowie domenowej, pełniącym w organizmie funkcjenegatywnego regulatora stanu zapalnego. Dzięki obecności domeny PIN,posiada aktywność RNazy i może prowadzić do degradacji nie tylko transkryptówcytokin prozapalnych, ale także wiele mi-RNA, RNA pochodzenia wirusowego, a nawetswój własny mRNA. Obecność domeny UBA umożliwia oddziaływanie z białkamiz rodziny TRAF. MCPIP1 poprzez sciąganie deubikwitynazy UPF-1, doprowadzado dezaktywacji TRAF, przerywając w ten sposób transdukcje sygnału głównychszlaków prozapalnych: NFΚB i AP-1. W niniejszej pracy zidentyfikowano krótszą,niż standardowa formę transkrypcji MCPIP1, pozbawioną domeny PIN.Forma alternatywna była zarówno obecna na poziomie RNA, jak i na poziomie białka,w liniach nowotworowych i nienowotworowych. Jej ilość zwiększała się pod wpływemstymulacji TNFα. Postuluje się, że powstawanie krótszej, pozbawionej aktywnościRNazowej formy MCPIP1 mogłoby być dodatkowym sposobem regulacji stanuzapalnego. Według hipotezy, produkcja niefunkcjonalnego białka MCPIP1,byłaby korzystna dla utrzymania chronicznego stanu zapalnego w środowisku guza,co sprzyjałoby transformacji nowotworowej. Niestety alternatywna forma transkryptunie została zidentyfikowana w produktach reakcji PCR na matrycy cDNA pozyskanegoz RNA pochodzenia tkankowego, od pacjentów będących w różnym stadium ccRCC(ang. clear cell renal cell carcinoma – rak jasnokomórkowy nerki). Negatywny wynikdoświadczenia, nie jest jednoznacznym dowodem braku alternatywnych form w tkanceneoplastycznej. Aby ostatecznie potwierdzić obecność, lub brak produktówalternatywnego składania mRNA należałoby przeprowadzić analizę z wykorzystaniemczulszych metod typu Northern Blot.

MCPIP1 is a 66 kDa multidomain protein, which acts as a negative regulatorof inflammation. It was reported to degrade various mRNA of pro-inflammatorycytokines, miRNA, viral RNA and its own transcript. The RNase activity of MCPIP1is located in PIN domain, whereas UBA domain enables it to interact with TRAFsproteins. MCPIP1 was reported to act as a mediator between TRAFs and UPF-1deubiquitinase, thereby disturbing the activation of the main pro-inflammatory signalingpathways: NFκB and AP-1. The current work has identified the shorter, alternativetranscript variant of MCPIP1 that lacks PIN domain. Furthermore this variantwas detectable on a protein level by western blot. The level of this alternative splicingform increased after stimulation with TNFα of the both cancerous and non-cancerouscell lines. We postulate that the production of the shorter, inactive proteinis an additional way of the inflammatory state regulation. The increased level of inactiveMCPIP1 would be beneficial for the cancerous transformation. Contrary to resultsobtained on cell lines, the alternative splicing form was not detectable in cDNA fromtissue-derived RNA of patients with different stages of ccRCC (clear cell renal cellcarcinoma) cancer. The negative result of this experiment is not the final evidence of thelack of the alternative form in the neoplastic tissue. More sensitive methods of transcriptdetection need to be employed in order to determine the presence of the alternativeMCPIP1 form in tissue samples.