Expression assessment of selected proteins associated with metastasis in melanoma cells

Czerniak jest nowotworem złośliwym skóry wywodzącym się z melanocytów. Potrzeba zbadania mechanizmów odpowiedzialnych za wzrost progresji czerniaka i tworzenia nowych ognisk przerzutowych wynika z faktu oporności w leczeniu czerniaka w stadium III i IV oraz wysokiej śmiertelności (80-90%).W niniejszej pracy zbadano czy wybrane białka związane z przerzutowaniem nowotworów, takie jak– MMP-2, MMP-9 i SNAIL oraz nowopoznana rodzina kinaz RIP korelują ze złośliwością czerniaka. W badaniach wykorzystano ogólnodostępne bazy mikromacierzy GEO (GDS1375, GDS3966) zawierające dane dotyczące względnego poziomu ekspresji genów w materiale klinicznym, tj.: skóry pochodzącej od zdrowych ludzi, z czerniakiem pierwotnym rozsianym z ogniska pierwotnego i wtórnego. Dodatkowo pobrano bazę (GDS3964), w której zebrane dane przedstawiają względny profil ekspresji wybranych genów w modelu zwierzęcym, z rozróżnieniem na guz podskórny i płucny oraz z uwzględnieniem linii rodzicielskiejA375P i czterech linii potomnych. W kolejnym etapie pracy, otrzymane wyniki z analizy mikromacierzy poddano weryfikacji z danymi doświadczalnymi. Poziom transkryptów wybranych białek zbadano za pomocą techniki qRT-PCR. Badania przeprowadzono zarówno na liniach komórkowych czerniaka (WM115, WM266.4, A375) oraz komórkach pierwotnych izolowanych z materiału klinicznego. Przed wykonaniem analizy ilościowej, komórki pobrane bezpośrednio od pacjentów zbadano na obecność białka HMB-45, wimentyny oraz czynnika transkrypcyjnego MITF i tym samym potwierdzono obecność komórek nowotworowych czerniaka w otrzymanym materiale klinicznym.

Melanoma is a malignant skin cancer derived from melanocytes. The need of studying mechanisms responsible for the increase of melanoma progression and the formation of new metastatic foci derived from the fact that melanoma of stage III and IV is highly resistant to the treatment and have high mortality rates (80-90%).In the present study we examined whether selected proteins associated with tumor metastasis, such as MP-2, MMP-9 and SNAIL, and the newly recognized family of RIP kinases correlate with melanoma malignancy, using available GEO microarray databases (GDS1375, GDS3966) which contains information about the relative level of genes expression in clinical material, i.e. skin of healthy people, with primary and secondary melanomas. Additionally, we analyzed a database (GDS3964) which contains data on relative expression profile of selected genes in parental, human melanoma cells A375P and arise from them subcutaneous and lung xenografts in nude mouse. Furthermore, we experimentally verified the obtained data by analysis of mRNA by qRT-PCR. The studies were performed on both melanoma cell lines (WM115, WM266.4, A375) and primary cells isolated from clinical material. Prior to quantitative analysis primary cells were examined for the presence of HMB-45 protein, vimentin and MITF to confirm the presence of melanoma cells among isolated cells.