Synthesis and optimization of fluorescent glycosidic probes and their use in cellular assays

master
dc.abstract.enThe prevalence of the subject of glycobiochemistry, carbohydrates and their receptors, otherwise known as lectins, in many biological processes, serves as a proof of significance of these molecules in biological systems. These include, inter alia, the process of cell apoptosis, their mutual recognition and signaling. Consequently, imaging or modulating the binding process between a sugar and a lectin, and the subsequent consequences, has the potential to reveal novel correlations present in cancer cells. The objective of the present study was to synthesize a library of compounds that could serve as potential probes with fluorescent properties, taking advantage of the characteristic properties of lectins displayed at the surface of cancer cells. In this particular case, the primary focus was on the binding of lectins to their respective ligands by means of the attachment of four different sugars to a selected fluorophore. In order to achieve this objective, two synthetic pathways were optimized and scaled up using engineered enzymes as a catalyst. Consequently, the reaction conforms to the principles of green chemistry, yielding satisfactory results in most cases. Furthermore, the excitation and emission values of each compound were determined, thus enabling the evaluation of their binding affinity on selected cancer cell lines by means of flow cytometry measurements. The fluorescence of the cells could be observed, and this was captured in images taken using fluorescence microscopy. This study, though preliminary, paves the way for future developments of glycosidic fluorescent probes to specifically target cancer cells.pl
dc.abstract.plJak dowodzi prężnie rozwijający się temat glikobiochemii, węglowodany i ich receptory, inaczej zwane lektynami, odgrywają kluczową rolę w wielu procesach biologicznych. Obejmują one między innymi proces apoptozy komórek, ich wzajemne rozpoznawanie i sygnalizację. W związku z tym obserwacja procesu wiązania między cukrem a lektyną oraz konsekwencji, jakie to wywołuje, może potencjalnie ujawnić nowe korelacje obecne w komórkach nowotworowych. Celem niniejszej pracy była synteza biblioteki związków, które mogłyby służyć jako potencjalne sondy o właściwościach fluorescencyjnych, wykorzystując charakterystyczne właściwości komórek nowotworowych. W tym konkretnym przypadku główny nacisk położono na wiązanie lektyn z ich odpowiednimi ligandami poprzez przyłączenie czterech różnych cukrów do wybranego fluoroforu. Aby osiągnąć ten cel, zoptymalizowano dwie ścieżki syntetyczne i zwiększono ich skalę przy użyciu zmodyfikowanego białka jako katalizatora. Dzięki temu reakcja jest zgodna z zasadami zielonej chemii, dając przy tym na ogół zadowalającą wydajność. Co więcej, ustalono wartości wzbudzenia i emisji każdego związku, umożliwiając w ten sposób ocenę ich powinowactwa wiązania na wybranych liniach komórek nowotworowych poprzez wykorzystanie pomiarów cytometrii przepływowej. W konsekwencji udało się zaobserwować fluorescencję komórek, która została uchwycona na zdjęciach wykonanych z wykorzystaniem mikroskopii fluorescencyjnej. Ze względu na pewne ograniczenia urządzenia, pomiary można było przeprowadzić tylko na pochodnych fluoresceiny. Przeprowadzone w poniższej pracy badania torują drogę dla przyszłego rozwoju glikozydowych sond fluorescencyjnych do specyficznego namierzania komórek nowotworowych.pl
dc.affiliationWydział Chemiipl
dc.areaobszar nauk ścisłychpl
dc.contributor.advisorSkalniak, Łukasz - 103990 pl
dc.contributor.advisorLafite, Pierre - USOS314271 pl
dc.contributor.authorMajewska, Alicja - USOS293455 pl
dc.contributor.departmentbycodeUJK/WC3pl
dc.contributor.reviewerLoch, Joanna - 126313 pl
dc.contributor.reviewerSkalniak, Łukasz - 103990 pl
dc.contributor.reviewerLafite, Pierre - USOS314271 pl
dc.date.accessioned2025-06-24T22:32:23Z
dc.date.available2025-06-24T22:32:23Z
dc.date.createdat2025-06-24T22:32:23Zen
dc.date.submitted2025-06-23pl
dc.fieldofstudychemia medycznapl
dc.identifier.apddiploma-180530-293455pl
dc.identifier.urihttps://ruj.uj.edu.pl/handle/item/553619
dc.languageengpl
dc.subject.englycoside hydrolase; thioglycosides; biocatalysis; S-glycoside; mercapto-coumarin, fluorescein, enzymatic synthesis, fluorescent probes, fluorescence, lectins, cell membrane receptorspl
dc.subject.plhydrolaza glikozydowa; tioglikozydy; biokataliza; S-glikozydy; merkapto-kumaryna, fluoresceina, synteza enzymatyczna, sondy fluorescencyjne, fluorescencja, lektyny, receptory błony komórkowejpl
dc.titleSynthesis and optimization of fluorescent glycosidic probes and their use in cellular assayspl
dc.title.alternativeSynteza i optymalizacja fluorescencyjnych sond glikozydowych i ich zastosowanie w testach komórkowychpl
dc.typemasterpl
dspace.entity.typePublication
dc.abstract.enpl
The prevalence of the subject of glycobiochemistry, carbohydrates and their receptors, otherwise known as lectins, in many biological processes, serves as a proof of significance of these molecules in biological systems. These include, inter alia, the process of cell apoptosis, their mutual recognition and signaling. Consequently, imaging or modulating the binding process between a sugar and a lectin, and the subsequent consequences, has the potential to reveal novel correlations present in cancer cells. The objective of the present study was to synthesize a library of compounds that could serve as potential probes with fluorescent properties, taking advantage of the characteristic properties of lectins displayed at the surface of cancer cells. In this particular case, the primary focus was on the binding of lectins to their respective ligands by means of the attachment of four different sugars to a selected fluorophore. In order to achieve this objective, two synthetic pathways were optimized and scaled up using engineered enzymes as a catalyst. Consequently, the reaction conforms to the principles of green chemistry, yielding satisfactory results in most cases. Furthermore, the excitation and emission values of each compound were determined, thus enabling the evaluation of their binding affinity on selected cancer cell lines by means of flow cytometry measurements. The fluorescence of the cells could be observed, and this was captured in images taken using fluorescence microscopy. This study, though preliminary, paves the way for future developments of glycosidic fluorescent probes to specifically target cancer cells.
dc.abstract.plpl
Jak dowodzi prężnie rozwijający się temat glikobiochemii, węglowodany i ich receptory, inaczej zwane lektynami, odgrywają kluczową rolę w wielu procesach biologicznych. Obejmują one między innymi proces apoptozy komórek, ich wzajemne rozpoznawanie i sygnalizację. W związku z tym obserwacja procesu wiązania między cukrem a lektyną oraz konsekwencji, jakie to wywołuje, może potencjalnie ujawnić nowe korelacje obecne w komórkach nowotworowych. Celem niniejszej pracy była synteza biblioteki związków, które mogłyby służyć jako potencjalne sondy o właściwościach fluorescencyjnych, wykorzystując charakterystyczne właściwości komórek nowotworowych. W tym konkretnym przypadku główny nacisk położono na wiązanie lektyn z ich odpowiednimi ligandami poprzez przyłączenie czterech różnych cukrów do wybranego fluoroforu. Aby osiągnąć ten cel, zoptymalizowano dwie ścieżki syntetyczne i zwiększono ich skalę przy użyciu zmodyfikowanego białka jako katalizatora. Dzięki temu reakcja jest zgodna z zasadami zielonej chemii, dając przy tym na ogół zadowalającą wydajność. Co więcej, ustalono wartości wzbudzenia i emisji każdego związku, umożliwiając w ten sposób ocenę ich powinowactwa wiązania na wybranych liniach komórek nowotworowych poprzez wykorzystanie pomiarów cytometrii przepływowej. W konsekwencji udało się zaobserwować fluorescencję komórek, która została uchwycona na zdjęciach wykonanych z wykorzystaniem mikroskopii fluorescencyjnej. Ze względu na pewne ograniczenia urządzenia, pomiary można było przeprowadzić tylko na pochodnych fluoresceiny. Przeprowadzone w poniższej pracy badania torują drogę dla przyszłego rozwoju glikozydowych sond fluorescencyjnych do specyficznego namierzania komórek nowotworowych.
dc.affiliationpl
Wydział Chemii
dc.areapl
obszar nauk ścisłych
dc.contributor.advisorpl
Skalniak, Łukasz - 103990
dc.contributor.advisorpl
Lafite, Pierre - USOS314271
dc.contributor.authorpl
Majewska, Alicja - USOS293455
dc.contributor.departmentbycodepl
UJK/WC3
dc.contributor.reviewerpl
Loch, Joanna - 126313
dc.contributor.reviewerpl
Skalniak, Łukasz - 103990
dc.contributor.reviewerpl
Lafite, Pierre - USOS314271
dc.date.accessioned
2025-06-24T22:32:23Z
dc.date.available
2025-06-24T22:32:23Z
dc.date.createdaten
2025-06-24T22:32:23Z
dc.date.submittedpl
2025-06-23
dc.fieldofstudypl
chemia medyczna
dc.identifier.apdpl
diploma-180530-293455
dc.identifier.uri
https://ruj.uj.edu.pl/handle/item/553619
dc.languagepl
eng
dc.subject.enpl
glycoside hydrolase; thioglycosides; biocatalysis; S-glycoside; mercapto-coumarin, fluorescein, enzymatic synthesis, fluorescent probes, fluorescence, lectins, cell membrane receptors
dc.subject.plpl
hydrolaza glikozydowa; tioglikozydy; biokataliza; S-glikozydy; merkapto-kumaryna, fluoresceina, synteza enzymatyczna, sondy fluorescencyjne, fluorescencja, lektyny, receptory błony komórkowej
dc.titlepl
Synthesis and optimization of fluorescent glycosidic probes and their use in cellular assays
dc.title.alternativepl
Synteza i optymalizacja fluorescencyjnych sond glikozydowych i ich zastosowanie w testach komórkowych
dc.typepl
master
dspace.entity.type
Publication
Affiliations

* The migration of download and view statistics prior to the date of April 8, 2024 is in progress.

Views
1
Views per month
Views per city
London
1

No access

No Thumbnail Available
Collections