Analysis of protein domain frequencies in selected bacteriophage genomes

Badanie zmian ewolucyjnych jakim podlegają genomy bakteriofagów stanowi jedno z sztandarowych zadań i zagadnień, którymi zajmują się biolodzy mikrobów oraz biolodzy ewolucyjni. Takie przewidywanie pozwala na wykorzystanie fagów w terapiach antybakteryjnych, a także na lepsze zrozumienie dynamiki świata fagów. Dotychczas przedstawiono wiele sposobów w jaki można spojrzeć na ewolucję genomu bakteriofagajednak w żadnym (lub znikomym) stopniu nie próbuje się analizować zmiany w fagach na poziomie zakonserwowanych ewolucyjnie domen. Praca ta ma za zadanie przedstawić zmiany w częstościach występowania ewolucyjnych domen w wybranych genomach co pośrednio wpływa nie tylko na stopień różnorodności między bakteriofagami ale również pozwala sklasyfikować ważne domeny, które mogą podlegać horyzontalnemu transferowi lub rekombinacji.

Researching the evolutionary changes that bacteriophage genomes undergo is one of the flagship tasks and subjects addressed by microbial biologists and evolutionary biologists. Such prediction allows the use of phages in antibacterial therapies, as well as a better understanding of the dynamics of the phage world. So far, many ways have been presented on how to look at the evolution of the bacteriophage genome, but no (or little) attempt has been made to analyze phage changes at the level of evolutionarily conserved domains. This work aims to show changes in the frequencies of evolutionary domains in selected genomes, which indirectly affects not only the degreeof diversity among bacteriophages but also allows us to classify important domains that may undergo horizontal transfer or recombination.