Newt skin microbiome

Mikrobiom, czyli zbiór mikroorganizmów żyjących w danym siedlisku, pełni wiele ważnych funkcji, a często jest niezbędny dla prawidłowego funkcjonowania organizmów. Dlatego też w ostatnich latach stanowi on przedmiot wzmożonego zainteresowania badaczy. Za sprawą rozwoju technik badawczych możliwe jest zdobywanie coraz bardziej szczegółowej i zaawansowanej wiedzy na temat mikrobiomu. Dzięki temu możliwa jest ocena składu mikrobiomu oraz jego wpływu na organizmy. Przedstawione doświadczenie skupia się na mikrobiomie skóry płazów i ma charakter eksploracyjny. Celem pracy było zbadanie możliwości wykorzystania kolekcji tkanek lub wyizolowanego z nich DNA, które oprócz standardowo pobieranych wymazów, mogłyby stanowić materiał do badań mikrobiomu skóry. Pobrano próbki mikrobiomu traszek (Lissotriton vulgaris oraz Lissotriton montandoni) i próbki środowiskowe z czterech stanowisk. Przeprowadzono amplifikację 16S rRNA, sekwencjonowanie i porównano skład oraz zróżnicowanie mikrobiomu. W większości próbek zaobserwowano ogromną różnorodność mikroorganizmów oraz podobieństwo składu próbek wody do próbek pobranych ze skóry. Wyniki pokazują, że próbki tkanek u jednego z badanych gatunków znacznie różnią się składem od wymazów. Zatem izolacja bakteryjnego DNA z tkanek ma swoje ograniczenia i wymaga dalszych badań.

Microbiome, which is a community of microorganisms inhabiting a given environment, plays many important roles and is often necessary for organism’s functioning. That is why in recent years, understanding microbiome composition and function is the subject of increased interest of researchers. Thanks to the development of new research techniques it is possible to acquire more and more advanced knowledge about microbiomes. These techniques give the opportunity of exploring microbiome composition and its influence on organisms. Research presented in this thesis focused on amphibian skin microbiome and was of exploratory kind. The aim of the study was to examine the possibility of using tissue collections, which in addition to standard skin swabing, could provide material for characterizing the skin microbiome. Samples of newt microbiome (Lissotriton vulgaris and Lissotriton montandoni) and environmental samples were collected from four sites. The composition of microbiome was compared using high-throughput amplicon sequencing of the 16S rRNA gene. In the majority of samples, a huge diversity of microorganisms was observed as well as the similarity of the composition of water samples to samples taken from the skin. The results show that the tissue samples in one species differ significantly from the swabs. Thus, isolation of bacterial DNA from tissues has its limitations and requires further research.