Analiza immunopeptydów spektrometrią masową

Rak piersi jest powszechnym rodzajem raka u kobiet i można wyróżnić różne jego typy i podtypy. Rak może powstać w wyniku mutacji genetycznych odziedziczonych po rodzicach lub w wyniku innych czynników niegenetycznych. Innowacyjnym i nowym sposobem leczenia raka jest immunoterapia, w której wykorzystuje się układ odpornościowy organizmu do zwalczania guza. Istnieją dwa podejścia do immunoterapii, takie jak terapie CAR-T i CAR-M, gdzie CAR-M jest stosunkowo nowa i wciąż badana. Jeśli chodzi o komórki T, rozpoznają one neoantygeny wytwarzane przez komórki nowotworowe i niszczą je. Te neoantygeny są wytwarzane z mutacji, które powstają w komórkach nowotworowych. Niektóre z tych mutacji zatrzymują sekwencjonowanie peptydu, dlatego DAP będący lekiem, jest stosowany do kontynuowania sekwencjonowania peptydu, wytwarzając w ten sposób nowe neoantygeny. Celem tej pracy jest analiza tkanek raka piersi pochodzących od myszy, z których część była leczona DAP a inne nie, i porównanie ich peptydów, z uwzględnieniem wcześniej dokonanej optymalizacji protokołu immunoprecypitacji i spektrometru masowego w celu uzyskania wyższej identyfikacji peptydów. W związku z tym przetestowano różne rodzaje kulek magnetycznych i przeciwciał, ponadto oceniono różne metody dla spektrometru masowego Orbitrap Eclipse, a ich widmo masowe przeanalizowano przy użyciu różnych programów, takich jak PEAKS Studio i MhcVizPipe.

Breast cancer is a common type of cancer among women, and it can be classified into types and subtypes. Cancer can arise from genetic mutations inherited from the parents or from other nongenetic factors. Thus, an innovative and novel treatment of cancer is immunotherapy, where it uses the body’s immune system to combat tumor. There are two approaches for immunotherapy, which are CAR-T and CAR-M therapies, where CAR-M is relatively new and under study. As for the T-cells, they recognize the neoantigens that are produced by the tumor cells and destroys them. These neoantigens are produced from mutations that arise from cancer cells. Some of these mutations stops the sequencing of the peptide thus DAP, which is a drug, is used to continue the sequencing of the peptide thus producing new neoantigens. In this study, the aim is to analyze the breast cancer tissues coming from mice where some were treated with DAP while the others were not and compare their peptides, however before that, optimization of the immunoprecipitation protocol and the mass spectrometer was done to obtain a higher identification of peptides. Hence, different kind of magnetic beads and antibodies were tested, moreover various methods for the Orbitrap Eclipse mass spectrometer were evaluated and their mass spectrum were analyzed using different software like PEAKS Studio and MhcVizPipe.