Similarities and differences in transcriptomic analyses of the epidermis and skin in the context of atopic dermatitis

Atopowe zapalenie skóry dotyka obecnie wielu ludzi i wymaga precyzyjnej diagnozy, aby odróżnić je od innych chorób o podobnych objawach. Możliwym krokiem w stronę rozwiązania tego problemu jest wykrycie charakterystycznego profilu ekspresji genów w obrębie skóry. W tej pracy przeprowadzono analizę bioinformatyczną danych z sekwencjonowania RNA pobranych z repozytorium GEO. Próbki w pierwotnym badaniu uzyskano dwoma różnymi metodami: za pomocą biopsji i metody tape-stripping - mniej inwazyjnej alternatywy, która pozwala pobrać jedynie komórki naskórka. Celem analizy była identyfikacja genów, których poziom ekspresji, badany za pomocą sekwencjonowania celowanego, mógłby potencjalnie wesprzeć diagnozę atopowego zapalenia skóry.

Atopic dermatitis affects many people and requires accurate diagnosis to distinguish it from other diseases with similar symptoms. A possible solution is to detect a characteristic expression profile within the skin. This study presents a bioinformatic analysis of RNA sequencing data from the GEO repository. The analysed samples were collected as a biopsy, or by tape-stripping - a less invasive alternative, allowing only the collection of epidermal cells. The aim of the analysis was to identify genes whose expression profile could potentially aid the diagnosis of atopic dermatitis, while being measured by targeted sequencing.