Bioinformatyczna analiza danych z TCGA od pacjentów z czerniakiem błony naczyniowej

master
dc.abstract.enUveal melanoma is one of the rare malignant tumors. Approximately 50% of patients develop metastases to other tissues. This might be a result of changes of adhesion genes expression. Patients can be classified into groups according to somatic copy number alterations (SCNA). Such molecular subtypes differ in chromosome aberrations, gene mutations and patient's prognosis. TCGA data was used to identify changes of adhesion gene expression between different groups of patients. Differential gene expression analyses were conducted for SCNA and UM stages using RNA-Seq data and three packages: edgeR, DESeq2 and Limma. Stadium analysis showed only few DEG, PKP1, CDH2 – found in edgeR and TNR, FN1, CDH2 – found in DESeq2. On the other hand, there were thousands of DEG found in the SCNA analysis, among them: cadherins (CDH1, CDH5, CDH24, CDH13), integrins (ITGA1, ITGA2, ITGA4, ITGB1, ITGB8), IgSF (PECAM-1, L1CAM), VCAM-1. RNA-Seq is a next generation sequencing method. It allows for wide exploration of gene expression. It can be an alternative for microarrays, although it is not without disadvantages. The main difficulty is the lack of an analysis gold standard.pl
dc.abstract.plCzerniak błony naczyniowej (UM) jest jednym z rzadkich nowotworów złośliwych. U około 50% pacjentów obserwuje się powstawanie przerzutów do innych tkanek. Jest to spowodowane m.in. zmianami w ekspresji genów związanych z adhezją. Jedną z metod prognostykacji w UM jest podział pacjentów na grupy według somatycznej ilości zmienności kopii (SCNA). Takie molekularne podtypy UM różnią się aberracjami chromosomowymi, mutacjami niektórych genów oraz prawdopodobieństwem powstania przerzutów. W celu zbadania różnic w ekspresji genów związanych z adhezją między grupami pacjentów, wykorzystano dane z bazy TCGA. Przeprowadzono analizy różnicowej ekspresji genów dla SCNA oraz stadiów UM z danych RNA-Seq przy użyciu trzech pakietów: edgeR, DESeq2 i Limma. Analiza stadiów wykazała tylko kilka DEG, były to PKP1, CDH2 - znalezione w pakiecie edgeR i TNR, FN1, CDH2 - znalezione w pakiecie DESeq2. Natomiast w analizie SCNA znaleziono tysiące DEG, m.in.: kadheryny (CDH1, CDH5, CDH24, CDH13), integryny (ITGA1, ITGA2, ITGA4, ITGB1, ITGB8), IgSF (PECAM-1, L1CAM), VCAM-1. RNA-Seq jest metodą sekwencjonowania nowej generacji, która umożliwia badania ekspresji genów na wiele sposobów. Stanowi dobrą alternatywę dla mikromacierzy, jednak ma też pewnie niedogodności, z których najważniejsza to brak złotego standardu analizy.pl
dc.affiliationUniwersytet Jagielloński w Krakowiepl
dc.areaobszar nauk ścisłychpl
dc.areaobszar nauk przyrodniczychpl
dc.contributor.advisorElas, Martyna - 127873 pl
dc.contributor.authorLeja, Joannapl
dc.contributor.departmentbycodeUJK/UJKpl
dc.contributor.reviewerElas, Martyna - 127873 pl
dc.contributor.reviewerWilamowski, Mateuszpl
dc.date.accessioned2021-06-29T21:46:21Z
dc.date.available2021-06-29T21:46:21Z
dc.date.submitted2021-06-29pl
dc.fieldofstudybioinformatykapl
dc.identifier.apddiploma-150920-198525pl
dc.identifier.projectAPD / Opl
dc.identifier.urihttps://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/275443
dc.languagepolpl
dc.subject.enuveal melanoma, adhesion, tcga, the cancer genome atlas, rna-seq, edger, deseq2, limmapl
dc.subject.plczerniak błony naczyniowej, adhezja, tcga, the cancer genome atlas, rna-seq, edger, deseq2, limmapl
dc.titleBioinformatyczna analiza danych z TCGA od pacjentów z czerniakiem błony naczyniowejpl
dc.title.alternativeBioinformatical analysis of TCGA data from uveal melanoma patientspl
dc.typemasterpl
dspace.entity.typePublication
dc.abstract.enpl
Uveal melanoma is one of the rare malignant tumors. Approximately 50% of patients develop metastases to other tissues. This might be a result of changes of adhesion genes expression. Patients can be classified into groups according to somatic copy number alterations (SCNA). Such molecular subtypes differ in chromosome aberrations, gene mutations and patient's prognosis. TCGA data was used to identify changes of adhesion gene expression between different groups of patients. Differential gene expression analyses were conducted for SCNA and UM stages using RNA-Seq data and three packages: edgeR, DESeq2 and Limma. Stadium analysis showed only few DEG, PKP1, CDH2 – found in edgeR and TNR, FN1, CDH2 – found in DESeq2. On the other hand, there were thousands of DEG found in the SCNA analysis, among them: cadherins (CDH1, CDH5, CDH24, CDH13), integrins (ITGA1, ITGA2, ITGA4, ITGB1, ITGB8), IgSF (PECAM-1, L1CAM), VCAM-1. RNA-Seq is a next generation sequencing method. It allows for wide exploration of gene expression. It can be an alternative for microarrays, although it is not without disadvantages. The main difficulty is the lack of an analysis gold standard.
dc.abstract.plpl
Czerniak błony naczyniowej (UM) jest jednym z rzadkich nowotworów złośliwych. U około 50% pacjentów obserwuje się powstawanie przerzutów do innych tkanek. Jest to spowodowane m.in. zmianami w ekspresji genów związanych z adhezją. Jedną z metod prognostykacji w UM jest podział pacjentów na grupy według somatycznej ilości zmienności kopii (SCNA). Takie molekularne podtypy UM różnią się aberracjami chromosomowymi, mutacjami niektórych genów oraz prawdopodobieństwem powstania przerzutów. W celu zbadania różnic w ekspresji genów związanych z adhezją między grupami pacjentów, wykorzystano dane z bazy TCGA. Przeprowadzono analizy różnicowej ekspresji genów dla SCNA oraz stadiów UM z danych RNA-Seq przy użyciu trzech pakietów: edgeR, DESeq2 i Limma. Analiza stadiów wykazała tylko kilka DEG, były to PKP1, CDH2 - znalezione w pakiecie edgeR i TNR, FN1, CDH2 - znalezione w pakiecie DESeq2. Natomiast w analizie SCNA znaleziono tysiące DEG, m.in.: kadheryny (CDH1, CDH5, CDH24, CDH13), integryny (ITGA1, ITGA2, ITGA4, ITGB1, ITGB8), IgSF (PECAM-1, L1CAM), VCAM-1. RNA-Seq jest metodą sekwencjonowania nowej generacji, która umożliwia badania ekspresji genów na wiele sposobów. Stanowi dobrą alternatywę dla mikromacierzy, jednak ma też pewnie niedogodności, z których najważniejsza to brak złotego standardu analizy.
dc.affiliationpl
Uniwersytet Jagielloński w Krakowie
dc.areapl
obszar nauk ścisłych
dc.areapl
obszar nauk przyrodniczych
dc.contributor.advisorpl
Elas, Martyna - 127873
dc.contributor.authorpl
Leja, Joanna
dc.contributor.departmentbycodepl
UJK/UJK
dc.contributor.reviewerpl
Elas, Martyna - 127873
dc.contributor.reviewerpl
Wilamowski, Mateusz
dc.date.accessioned
2021-06-29T21:46:21Z
dc.date.available
2021-06-29T21:46:21Z
dc.date.submittedpl
2021-06-29
dc.fieldofstudypl
bioinformatyka
dc.identifier.apdpl
diploma-150920-198525
dc.identifier.projectpl
APD / O
dc.identifier.uri
https://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/275443
dc.languagepl
pol
dc.subject.enpl
uveal melanoma, adhesion, tcga, the cancer genome atlas, rna-seq, edger, deseq2, limma
dc.subject.plpl
czerniak błony naczyniowej, adhezja, tcga, the cancer genome atlas, rna-seq, edger, deseq2, limma
dc.titlepl
Bioinformatyczna analiza danych z TCGA od pacjentów z czerniakiem błony naczyniowej
dc.title.alternativepl
Bioinformatical analysis of TCGA data from uveal melanoma patients
dc.typepl
master
dspace.entity.type
Publication
Affiliations

* The migration of download and view statistics prior to the date of April 8, 2024 is in progress.

Views
73
Views per month
Views per city
Lodz
10
Warsaw
9
Katowice
6
Wroclaw
5
Poznan
4
Lublin
3
Bialystok
2
Dublin
2
Gdynia
2
Torun
2

No access

No Thumbnail Available