The effect of MCPIP-1 on the expression level of transcripts coding adhesion proteins, cadherin family proteins and protease inhibitors from the stefines family

Białko MCPIP-1 jest endorybonukleazą składającą się z 596 reszt aminokwasowych. Jako RNaza zaangażowane jest w degradację aktywnych translacyjnie cząsteczek mRNA regulując w ten sposób ekspresję genów, których produkty są związane głównie z indukcją stanu zapalnego w tkankach. Po przeprowadzeniu sekwencjonowania nowej generacji (NGS), które nie było częścią tej pracy wyodrębnionych zostało kilka potencjalnych matryc mogących ulegać regulacji pod wpływem MCPIP-1, takich jak transkrypty kodujące białka adhezyjne, kadheryny czy stefiny. W celu ewaluacji wyników NGS przeprowadzone zostały badania z wykorzystaniem techniki Q-RT-PCR. W ramach eksperymentów wykorzystano keratynocyty izolowane z myszy typu dzikiego oraz myszy z wyłączonym genem kodującym MCPIP-1 w keratynocytach.

The MCPIP-1 protein is an endoribonuclease containing 596 amino acids. It is involved in degradation of translational active mRNA thus regulating the expression of genes which products are mainly associated with inflammation. By conducting the next generation sequencing analysis (NGS), which was not the part of this work, several potential matrices have been identified that could be regulated by MCPIP-1 such as adhesion protein transcripts, cadherin transcripts or stefin transcripts. In order to evaluate the NGS results Q-RT-PCR tests were carried out. In experiments keratinocytes isolated from wild type mice and mice with the excluded MCPIP-1 gene were used.