Dopasowanie modeli generowania losowych sieci oraz ich parametrów do rzeczywistych sieci PPI

Proces powstawania sieci interakcji między proteinami (sieci PPI) był często studiowany w celu zrozumienia historii ewolucji interakcji molekuł biologicznych. Przez ten czas zostało zaproponowane wiele modeli próbujących przybliżać zebrane dane na temat rzeczywistych sieci przy użyciu różnych technik losowego generowania grafów. Jak dotąd ich ewaluacja była przeprowadzana przez ustalenie pewnego parametru grafu (na przekład oczekwiany rozkład stopni wierzchołków) i ewaluowanie ich dopasowanie w innych aspektach. Ta praca ma na celu przeanalizowanie w jaki sposób zmienia się dopasowanie tych modeli gdy nie ustalimy zawczasu ich parametrów. W tym celu ewaluujemy część modeli zaproponowanych w poprzednich pracach przez podanie im różnych parametrów, a następnie porównanie ich do danych rzeczywistych z bazy danych BioGRID.

The generating process of protein-protein interaction (PPI) networks was often studied to understand the evolutionary history of biological molecule interactions. To this day many models have been proposed that try to approximate real-world data by employing various random graph generation techniques. So far, their evaluation was done by fixing one of the graph characteristics (such as expected degree distribution) and evaluating their performance in other aspects. This paper attempts to analyze how the performance of these models varies if we avoid fixing their free parameters. To this end, we evaluate some of the models used in previous papers by supplying them with varying parameters and comparing them to real-world data taken from the BioGRID database.