Resequencing the genome of bacterium Tannerella forsythia ATCC 43037 using Nanopore technology

Tannerella forsythia to Gram-ujemna bakteria z gromady Bacteroidetes. Należy ona do składników czerwonego kompleksu patogenów przyzębia zaangażowanych w rozwój paradontozy. Przez wiele lat dane dotyczące genomu T. forsythia szczepu FDC 92A2 były mylnie opisywane jako należące do szczepu ATCC 43037, co prowadziło do wielu pomyłek i trudności w prowadzeniu badań nad tą bakterię (Zwickl et al., 2020). W 2015 roku opublikowano w bazie danych NCBI poprawny genom szczepu ATCC 43037 uzyskany narzędziem Illumina MiSeq (Friedrich et al., 2015). Genom ten, jednakże nie jest kompletny a dane literaturowe wskazują na błędne ułożenie przynajmniej niektórych genów (Książek et al., 2015). Biorąc pod uwagę powyższe informacje podjęto próbę resekwencjonowania badanego szczepu. Do ponownego sekwencjonowania użyto technologii Oxford Nanopore. Wykonano niezbędne czynności prowadzące do otrzymania bardzo dobrej jakości genomu o wysokim pokryciu. W wyniku podjętych działań uzyskano genom o oczekiwanych cechach, zweryfikowany przy użyciu różnych narzędzi bioinformatycznych służących do składania oraz poprawiania jakości uzyskanej sekwencji.

Tannerella forsythia is a Gram-negative bacterium of the phylum Bacteroidetes. It belongs to the components of the red complex of periodontal pathogens involved in the development of periodontitis.For many years, the genome data of T. forsythia strain FDC 92A2 was mistakenly described as belonging to strain ATCC 43037, leading to much confusion and difficulty in conducting research on this bacterium (Zwickl et al., 2020). In 2015, the correct genome of strain ATCC 43037 obtained with the Illumina MiSeq tool was published in the NCBI database (Friedrich et al., 2015). This genome, however, is not complete and literature data indicate that at least some genes are misaligned (Książek et al., 2015). Taking this information into account, an attempt was made to resequencing the strain under study.Oxford Nanopore technology was used for resequencing. The necessary steps were performed, leading to a very good quality genome with high coverage. As a result of the measures taken, a genome with the expected features was obtained, as verified by using various bioinformatics tools for assembling and improving the quality of the obtained sequence.