Analysis of expression of ephrin receptors in melanoma based on data from the Gene Expression Omnibus database

Mimo wyraźnego postępu w leczeniu czerniaka wciąż obserwuje się wysoką śmiertelność wśród chorych, związaną z tym nowotworem. Stąd wynika potrzeba poszukiwania nowych strategii terapeutycznych. Ostatnie badania wskazują na rolę białek efryn i ich receptorów w procesach wpływających na progresję czerniaka. Brakuje jednak doniesień na temat ekspresji tych białek w zdrowej tkance i zmianie pierwotnej. Dlatego celem niniejszej pracy było zbadanie ekspresji receptorów efryn w materiale klinicznym skóry normalnej, łagodnych znamion oraz czerniaka pierwotnego. W badaniach wykorzystano język programowania R do wizualizacji danych z mikromacierzy zgromadzonych w bazie GEO (seria GDS1375), które następnie poddano analizie statystycznej. Wykazano, że receptory EPH ulegają zmiennej ekspresji w zależności od badanej grupy, co stanowi podstawę do dalszej weryfikacji z danymi doświadczalnymi.

Despite significant progress in melanoma treatment, still a high mortality associated with melanoma is observed. Hence, the need to search for new therapeutic strategies. Recent studies indicate the role of ephrin proteins and their receptors in processes affecting melanoma progression. However, reports on the expression of these proteins in healthy tissue and primary lesion are lacking. Therefore, the aim of this study was to investigate the expression of ephrin receptors in clinical material of normal skin, benign nevi, and primary melanoma. The study used the R programming language to visualize microarray data collected in the GEO database (GDS1375 series), which were subjected to statistical analysis. It has been shown that EPH receptors undergo variable expression depending on the studied group, which is the basis for further verification with experimental data.