Jagiellonian University Repository
Identification of new DNA markers for resolving tardigrade phylogeny
Communities & Collections
pcg.skipToMenu
Identification of new DNA markers for resolving tardigrade phylogeny
Bibliographic description
| title: | Identification of new DNA markers for resolving tardigrade phylogeny |
| alternative title: |
Identyfikacja nowych markerów DNA do badania filogenezy niesporczaków |
| author: | Surmacz Bartłomiej |
| reviewer: | Michalczyk Łukasz, Pabijan Maciej 
|
| advisor: | Michalczyk Łukasz |
| date of submittion : | 2020-07-30 |
| language: | English |
| abstract in Polish: | Niesporczaki stanowią typ mikroskopijnych bezkręgowców zaliczanych do wylinkowców (Ecdysozoa). Pomimo stosunkowo licznych badań nad ich filogenezą, pokrewieństwa wewnątrz tej grupy zwierząt nadal są słabo zbadane. Ich poznanie częściowo ograniczone jest przez niewielką liczbę markerów DNA wykorzystywanych w badaniach tej grupy. Większość obecnych badań molekularnych nad filogenezą niesporczaków oparta jest na kilku jądrowych markerach rybosomalnych oraz genów mitochondrialnych. W niniejszej pracy przedstawiony został proces poszukiwania nowych markerów, począwszy od analizy bioinformarycznej 13 genomów, poprzez zaprojektowanie starterów, testy laboratoryjne (PCR i sekwencjonowanie), na analizie uzyskanych sekwencji kończąc. Wynikiem przeprowadzonych badań jest siedem genów, które potencjalnie mogą być wykorzystywane jako markery molekularne służące do badań nad filogenezą niesporczaków. Analizy filogenetyczne siedmiu gatunków niesporczaków reprezentujących daleko spokrewnione linie przy użyciu nowych markerów dały wyniki zgodne z powszechnie przyjętą filogenezą głównych linii niesporczaków. |
| abstract in English: | Tardigrades are a phylum of microscopic invertebrates classified within Ecdysozoa. Despite a number of phylogenetic studies, the relationships within this group are still far from being understood. That is partially the effect of a limited number of DNA markers used in the phylum. The majority of the recent molecular phylogenetic works on Tardigrada are based on a few nuclear ribosomal and/or mitochondrial genes. This thesis presents a workflow of development of new nuclear markers, starting from a bioinformatic analysis of 13 eutardigrade genomes, through primer development, laboratory testing (PCR and sequencing), to the analysis of the sequences. As the result, a set of seven protein-coding genes, which can potentially be used as new DNA markers for inferring tardigrade phylogeny, was obtained. The phylogenetic analysis of new markers for seven species from distantly related linages gave results congruent with the widely-accepted tardigrade phylogeny. |
| keywords in Polish: | filogeneza, genomy, geny kodujące białka, systematyka, Tardigrada |
| keywords in English: | DNA markers, genomes, phylogeny, protein-coding genes, systematics, Tardigrada |
| affiliation: | Wydział Biologii |
| type: | master work |
Files in this item
| Files | Size | Format | View |
|---|---|---|---|
|
There are no files associated with this item. |
|||
This item appears in the following Collection(s)
Projekt „Repozytorium otwartego dostępu do dorobku naukowego i dydaktycznego UJ” współfinansowany w ramach poddziałania 2.3.1 „Cyfrowe udostępnianie zasobów nauki” Programu Operacyjnego Polska Cyfrowa z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego i budżetu państwa na podstawie umowy o dofinansowanie nr POPC.02.03.01-00-0030/17-00
