Współcześnie modelowanie molekularne jest coraz częściej stosowaną metodą w nauce, głównie ze względu na jej zdolność do uzyskiwania danych na poziomie atomowym niedostępnych metodom eksperymentalnym. Jednak, aby skutecznie odwzorować rzeczywiste zachowanie się cząsteczki w zadanym środowisku niezbędne jest precyzyjne opisanie sposobu wyznaczenia funkcji potencjału oraz właściwe dobranie parametrów opisujących wszystkie oddziaływania z udziałem atomów tej cząsteczki. Funkcję potencjału wraz z parametrami opisującymi oddziaływania określa się mianem pola siłowego.Lipopolisacharyd jest niezbędnym elementem prawie każdej bakterii Gram-ujemnej, pełniąc wiele istotnych funkcji. Wgląd w jego właściwości strukturalne może dostarczyć wielu ważnych danych pozwalających na stworzenie modelu błony bakteryjnej wzbogaconej o LPS (lipopolisacharyd) do badań metodami modelowania molekularnego. Aby uzyskać te dane zbadano konformacje wiązań O-glikozydowych występujących w cząsteczce LPS stosując pola siłowe OPLS-AA, służące do ogólnego zastosowania, oraz GLYCAM 06h, specjalizujące się w modelowaniu cząsteczek polisacharydów.Jako model wiązań O-glikozydowych z części cukrowej LPS wybrano sześć dwucukrów zbudowanych z dwóch podjednostek glukozy: kojibiozę, nigerozę, laminaribiozę, maltozę, celobiozę i izomaltozę. Aby odnaleźć wszystkie możliwe niskoenergetyczne stany konformacyjne zastosowano metodę symulacji dynamiki molekularnej z wymianą replik.W poniższej pracy zostaną przedstawione metody oraz wyniki przeprowadzonych symulacji, a następnie porównanie właściwości konformacyjnych kątów torsyjnych wiązania O-glikozydowego występujących w cząsteczce LPS na podstawie dwucukrów glukozowych w dwóch pól siłowych: OPLS-AA oraz GLYCAM 06h za pomocą techniki symulacji dynamiki molekularnej z wymianą replik. Uzyskane dane będą następnie porównane z danymi przedstawionymi w bieżącej literaturze.

Nowadays molecular modeling is increasingly utilized method in science mostly due to its ability to provide data on atomic level inaccessible to experimental methods. However to efficiently imitate real molecule’s properties in specified environment a precise description of atomic interactions and a method of calculating potential energy function is required. Potential function with parameters describing the interactions is called a force field.Lipopolysaccharide is an essential element of almost every Gram-negative bacteria, fulfilling many crucial functions. Insight into its structural properties can provide many important data to create a model of bacterial membrane enriched with LPS (lipopolysaccharide) for studies using molecular modeling. To obtain these data conformations of O-glycosidic bonds present in LPS were investigated using OPLS-AA, designed for general use, and GLYCAM 06h, specializing in polysaccharide modeling.As a model of O-glycosidic bonds of LPS sugar moiety, six disaccharide composed of two subunits of glucose were selected: kojibiose, nigerose, laminaribiose, maltose, cellobiose and isomaltose. To find all possible low-energy conformational states Replica Exchange Molecular Dynamics simulations method were chosen.In this paper will be presented methods and results of conducted simulations and a comparison of the conformational properties of O-glycosidic bond’s torsion angles present in LPS on the basis of glucose-based disaccharides in two force fields: OPLS-AA and GLYCAM 06h using REMD. The resulting data will then be compared to data reported in the current literature.