Porównanie proteomu niezróżnicowanych komórek Ntera-2/D1 i proteomu astrocytów oraz neuronów pochodzących z tej linii komórkowej

master
dc.abstract.enDiseases of central nervous system (CNS) are becoming an increasing threat and burden to aging populations. Despite an enormous progress in both pharmacy and diagnostics, effective treatment and recognition of CNS diseases is way beyond reach of modern medicine. All research studies are constricted due to the lack of proper research model, complexity of the diseases, lack of efficient transport through blood-brain barrier and ethical restriction. In present study a research model, astrocytes and neurons derived from Ntera2/D1 cell line, has been characterised. It can be proven to be useful tool in neurobiological studies. Differentiation process with retinoid acid has completely changed cell morphology in several weeks. Mass spectrometry coupled with high pressure liquid chromatography allowed to compare proteome of NT2-derived astrocytes and neurons to proteome of undifferentiated NT2 cells. Prior to proteomic study, multiple enzyme digestion on filter aided sample preparation and fractionating on ion exchange chromatography column has been performed to increase number of proteins identified by mass spectrometry. It allowed to identificate 7600 proteins in whole experiment. Qualitative analysis revealed presence of marker proteins for both astrocyte and neuron cells. Quantitative analysis demonstrated presence of 6 protein clusters that expressed different expression profile. Analysis on enrichment has been performer for them. It showed that up- or down-regulated biological processes with statistical significance has been present in three studied cell types. Based on comprehensive proteomic analysis, not only the differentiation of astrocytes and neurons has been confirmed, but also the research has exceeded current knowledge about biology of the cells. To sum up, NT2 cell line is proper model for research on CNS diseases and mechanism of drug action.pl
dc.abstract.plChoroby ośrodkowego układu nerwowego (OUN) stanowią rosnące zagrożenie i obciążenie dla starzejących się populacji. Pomimo znaczących postępów w farmakologii i diagnostyce, skuteczne leczenie i rozpoznanie chorób OUN jest daleko poza zasięgiem współczesnej medycyny. Wszelkie badania są utrudnione z uwagi na brak modelu badawczego ludzkiego mózgu, złożoności chorób, brak efektywnego transportu wielu substancji przez barierę krew-mózg oraz ograniczenia etyczne. W niniejszej pracy scharakteryzowany został model komórek układu nerwowego jakim są astrocyty i neurony pochodzące z nowotworowej linii komórkowej Ntera2/D1, który może się stać się użytecznym narzędziem w badaniach neurobiologicznych. Kilkutygodniowa procedura różnicowania, za pomocą stymulacji kwasem retinowym, całkowicie zmieniła morfologię komórek. Za pomocą tandemowej spektrometrii mas połączonej z wysokosprawną chromatografią cieczową zbadano proteom zróżnicowanych astrocytów i neuronów oraz porównano go do proteomu niezróżnicowanych komórek NT2. Właściwy eksperyment proteomiczny został poprzedzony procedurą przygotowania polegającą na filtracji sprzężoną z wielokrotnym trawieniem enzymami – MED-FASP (ang. multiple enzyme digestion - filter aided sample preparation). Pozwoliło to na identyfikację 7600 białek w całym eksperymencie. W wyniku analizy jakościowej zidentyfikowano białka markerowe zarówno dla astrocytów jak i neuronów, co potwierdziło poprawne przeprowadzenie procesu różnicowania. Analiza ilościowa ujawniła istotne statystycznie różnice w profilach proteomów badanych grup komórek. Analiza skupień wykazała obecność 6 klastrów białkowych o odmiennym profilach ekspresji. Przeprowadzono dla nich analizę wzbogacenia wyłaniając w ten sposób istotne statycznie procesy biologiczne pozytywnie lub negatywnie regulowane w trzech badanych typach komórek. Uwzględniając wyniki analizy jakościowej jak i ilościowej można stwierdzić, że badane komórki różnią się diametralnie.Na podstawie wyników kompleksowej analizy proteomicznej nie tylko potwierdzono zróżnicowanie astrocytów i neuronów pochodzących z linii komórkowej NT2, ale również poszerzono wiedzę na temat biologii tych komórek. Podsumowując, linia komórkowa NT2 jest odpowiednim modelem do badań nad chorobami układu nerwowego i mechanizmami działania leków.pl
dc.affiliationWydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologiipl
dc.areaobszar nauk przyrodniczychpl
dc.contributor.advisorKędracka-Krok, Sylwia - 128739 pl
dc.contributor.authorRzeszuto, Aleksandrapl
dc.contributor.departmentbycodeUJK/WBBBpl
dc.contributor.reviewerKędracka-Krok, Sylwia - 128739 pl
dc.contributor.reviewerCzyż, Jarosław - 127677 pl
dc.date.accessioned2020-07-28T01:20:19Z
dc.date.available2020-07-28T01:20:19Z
dc.date.submitted2019-06-25pl
dc.fieldofstudybiochemiapl
dc.identifier.apddiploma-134120-196195pl
dc.identifier.projectAPD / Opl
dc.identifier.urihttps://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/236363
dc.languagepolpl
dc.subject.enNTERA-2, differentiation, neurons, astrocytes, proteomics, mass spectrometrypl
dc.subject.plNTERA-2, różnicowanie, neurony, astrocyty, proteomika, spektrometria maspl
dc.titlePorównanie proteomu niezróżnicowanych komórek Ntera-2/D1 i proteomu astrocytów oraz neuronów pochodzących z tej linii komórkowejpl
dc.title.alternativeComparison of undifferentiated Ntera2/D1 cell proteome to proteome of astrocytes and neurons derived from this cell linepl
dc.typemasterpl
dspace.entity.typePublication
dc.abstract.enpl
Diseases of central nervous system (CNS) are becoming an increasing threat and burden to aging populations. Despite an enormous progress in both pharmacy and diagnostics, effective treatment and recognition of CNS diseases is way beyond reach of modern medicine. All research studies are constricted due to the lack of proper research model, complexity of the diseases, lack of efficient transport through blood-brain barrier and ethical restriction. In present study a research model, astrocytes and neurons derived from Ntera2/D1 cell line, has been characterised. It can be proven to be useful tool in neurobiological studies. Differentiation process with retinoid acid has completely changed cell morphology in several weeks. Mass spectrometry coupled with high pressure liquid chromatography allowed to compare proteome of NT2-derived astrocytes and neurons to proteome of undifferentiated NT2 cells. Prior to proteomic study, multiple enzyme digestion on filter aided sample preparation and fractionating on ion exchange chromatography column has been performed to increase number of proteins identified by mass spectrometry. It allowed to identificate 7600 proteins in whole experiment. Qualitative analysis revealed presence of marker proteins for both astrocyte and neuron cells. Quantitative analysis demonstrated presence of 6 protein clusters that expressed different expression profile. Analysis on enrichment has been performer for them. It showed that up- or down-regulated biological processes with statistical significance has been present in three studied cell types. Based on comprehensive proteomic analysis, not only the differentiation of astrocytes and neurons has been confirmed, but also the research has exceeded current knowledge about biology of the cells. To sum up, NT2 cell line is proper model for research on CNS diseases and mechanism of drug action.
dc.abstract.plpl
Choroby ośrodkowego układu nerwowego (OUN) stanowią rosnące zagrożenie i obciążenie dla starzejących się populacji. Pomimo znaczących postępów w farmakologii i diagnostyce, skuteczne leczenie i rozpoznanie chorób OUN jest daleko poza zasięgiem współczesnej medycyny. Wszelkie badania są utrudnione z uwagi na brak modelu badawczego ludzkiego mózgu, złożoności chorób, brak efektywnego transportu wielu substancji przez barierę krew-mózg oraz ograniczenia etyczne. W niniejszej pracy scharakteryzowany został model komórek układu nerwowego jakim są astrocyty i neurony pochodzące z nowotworowej linii komórkowej Ntera2/D1, który może się stać się użytecznym narzędziem w badaniach neurobiologicznych. Kilkutygodniowa procedura różnicowania, za pomocą stymulacji kwasem retinowym, całkowicie zmieniła morfologię komórek. Za pomocą tandemowej spektrometrii mas połączonej z wysokosprawną chromatografią cieczową zbadano proteom zróżnicowanych astrocytów i neuronów oraz porównano go do proteomu niezróżnicowanych komórek NT2. Właściwy eksperyment proteomiczny został poprzedzony procedurą przygotowania polegającą na filtracji sprzężoną z wielokrotnym trawieniem enzymami – MED-FASP (ang. multiple enzyme digestion - filter aided sample preparation). Pozwoliło to na identyfikację 7600 białek w całym eksperymencie. W wyniku analizy jakościowej zidentyfikowano białka markerowe zarówno dla astrocytów jak i neuronów, co potwierdziło poprawne przeprowadzenie procesu różnicowania. Analiza ilościowa ujawniła istotne statystycznie różnice w profilach proteomów badanych grup komórek. Analiza skupień wykazała obecność 6 klastrów białkowych o odmiennym profilach ekspresji. Przeprowadzono dla nich analizę wzbogacenia wyłaniając w ten sposób istotne statycznie procesy biologiczne pozytywnie lub negatywnie regulowane w trzech badanych typach komórek. Uwzględniając wyniki analizy jakościowej jak i ilościowej można stwierdzić, że badane komórki różnią się diametralnie.Na podstawie wyników kompleksowej analizy proteomicznej nie tylko potwierdzono zróżnicowanie astrocytów i neuronów pochodzących z linii komórkowej NT2, ale również poszerzono wiedzę na temat biologii tych komórek. Podsumowując, linia komórkowa NT2 jest odpowiednim modelem do badań nad chorobami układu nerwowego i mechanizmami działania leków.
dc.affiliationpl
Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii
dc.areapl
obszar nauk przyrodniczych
dc.contributor.advisorpl
Kędracka-Krok, Sylwia - 128739
dc.contributor.authorpl
Rzeszuto, Aleksandra
dc.contributor.departmentbycodepl
UJK/WBBB
dc.contributor.reviewerpl
Kędracka-Krok, Sylwia - 128739
dc.contributor.reviewerpl
Czyż, Jarosław - 127677
dc.date.accessioned
2020-07-28T01:20:19Z
dc.date.available
2020-07-28T01:20:19Z
dc.date.submittedpl
2019-06-25
dc.fieldofstudypl
biochemia
dc.identifier.apdpl
diploma-134120-196195
dc.identifier.projectpl
APD / O
dc.identifier.uri
https://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/236363
dc.languagepl
pol
dc.subject.enpl
NTERA-2, differentiation, neurons, astrocytes, proteomics, mass spectrometry
dc.subject.plpl
NTERA-2, różnicowanie, neurony, astrocyty, proteomika, spektrometria mas
dc.titlepl
Porównanie proteomu niezróżnicowanych komórek Ntera-2/D1 i proteomu astrocytów oraz neuronów pochodzących z tej linii komórkowej
dc.title.alternativepl
Comparison of undifferentiated Ntera2/D1 cell proteome to proteome of astrocytes and neurons derived from this cell line
dc.typepl
master
dspace.entity.type
Publication

* The migration of download and view statistics prior to the date of April 8, 2024 is in progress.

Views
20
Views per month
Views per city
Krakow
6
Warsaw
4
Wroclaw
3
Pekowice
2
Dublin
1
Kielce
1

No access

No Thumbnail Available