Wpływ temperatury i obecności jonów Zn2+ na strukturę białka Yin Yang 1

master
dc.abstract.enMultifunctional transcription factor Yin Yang 1 is known to have natively unfolded structure under physiological conditions, thus YY1 belongs to intrinsically disorder protein (IDP). The N – terminus of YY1 protein - responsible for transcriptional activation - contain homopolymeric His11 sequence which divided two sequences rich in acidic amino acids. Function of this histidines stretch for YY1 structure remains unclear, however it’s interesting region because of divalent metals cations binding potential. In this paper a method of purification of active human Yin Yang 1 protein, without any modifications in amino acids sequence is developed. The main aim of this work was to investigate the secondary structure rearrangements induced by heating and presence of Zn2+ ions. For this purpose two experimental methods were used: circular dichroism (CD) and tryptophan fluorescence spectroscopy. Full length YY1 protein and also N – terminal transactivation domain of YY1 (YY1-TAD) were studied. CD measurement showed significant changes in YY1-TAD structural arrangement under stimulation of Zn2+, manifested by increasing content of β-sheets. It was also found that YY1 tryptophan fluorescence spectra shows blue shift of fluorescence emission maximum induced by the presence of Zn2+. Obtained results suggest a decrease of polarity in Trp residues environment, which probably is indicating an increase of secondary structure elements and reduce compactness of molecule. In measurements induced by temperature, it have been investigated influence of desolvation on polypeptide chain conformation. For YY1 and YY1-TAD changes characteristic for IDP were observed, these structural arrangement may be affected by conformational transitions between statistical coil and pre-molten globule state (PMG).pl
dc.abstract.plMultifunkcjonalny czynnik transkrypcyjny Yin Yang 1 posiada wysoką zawartość struktur nieuporządkowanych w warunkach natywnych. N – koniec sekwencji aminokwasowej YY1 odpowiadający za aktywacje transkrypcji zawiera fragment His11 rozdzielający sekwencje o wysokiej zawartości reszt naładowanych ujemnie. Rola fragmentu His11 dla funkcji i struktury YY1 jest nieznana, jednak jest to interesujący region ze względu na potencjalne wiązanie diwalentych kationów metali. W niniejszej pracy opracowano procedurę oczyszczania aktywnego ludzkiego białka YY1 bez modyfikacji w sekwencji. Głównym celem prezentowanych badań jest analiza rearanżacji struktury drugorzędowej białka YY1, indukowana wpływem temperatury oraz obecnością jonów Zn2+. W tym celu wykorzystano metody spektroskopii dichroizmu kołowego oraz spektroskopii fluorescencji reszt tryptofanowych. Badano zarówno białko YY1 pełnej długości jak i jego N-końcową domenę (YY1-TAD) przyjmującą stan kłębka statystycznego. W pomiarach CD zaobserwowano znaczącą zmianę konformacyjną YY1-TAD wywołaną obecnością jonów Zn2+, objawiającą się głównie wzrostem zawartości struktury β-arkusza. W badaniach spektroskopii fluorescencji pokazano zmianę otoczenia reszt Trp białka YY1 pod wpływem Zn2+ na mniej polarne. Świadczyć to może o indukowaniu zmian w strukturze białka, prowadzących do zwiększenia zawartości struktur drugorzędowych i zmniejszenia promienia hydrodynamicznego. W pomiarach stymulowanych temperaturą, badano wpływ desolwatacji łańcucha polipeptydowego, wynikający z zrywania sieci oddziaływań wodorowych na konformację łańcucha polipeptydowego białka YY1 i YY1-TAD. W tym przypadku zaobserwowano zmiany w strukturze są charakterystyczne dla białek samoistnie nieuporządkowanych.pl
dc.affiliationWydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologiipl
dc.areaobszar nauk przyrodniczychpl
dc.contributor.advisorGórecki, Andrzej - 102191 pl
dc.contributor.authorWilamowski, Mateuszpl
dc.contributor.departmentbycodeUJK/WBBBpl
dc.contributor.reviewerOsyczka, Artur - 131215 pl
dc.contributor.reviewerGórecki, Andrzej - 102191 pl
dc.date.accessioned2020-07-24T16:25:35Z
dc.date.available2020-07-24T16:25:35Z
dc.date.submitted2013-06-21pl
dc.fieldofstudybiofizykapl
dc.identifier.apddiploma-75051-96480pl
dc.identifier.projectAPD / Opl
dc.identifier.urihttps://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/187867
dc.languagepolpl
dc.subject.enYin Yang 1;\nstructure;\nintrinsically disorder proteins;\nzinc;\ntemperaturepl
dc.subject.plYin Yang 1;struktura;białka samoistnie nieuporządkowane;cynk;temperaturapl
dc.titleWpływ temperatury i obecności jonów Zn2+ na strukturę białka Yin Yang 1pl
dc.title.alternativeChanges in structure of Yin Yang 1 protein induced by temperature and presence of Zn2+ ionspl
dc.typemasterpl
dspace.entity.typePublication
dc.abstract.enpl
Multifunctional transcription factor Yin Yang 1 is known to have natively unfolded structure under physiological conditions, thus YY1 belongs to intrinsically disorder protein (IDP). The N – terminus of YY1 protein - responsible for transcriptional activation - contain homopolymeric His11 sequence which divided two sequences rich in acidic amino acids. Function of this histidines stretch for YY1 structure remains unclear, however it’s interesting region because of divalent metals cations binding potential. In this paper a method of purification of active human Yin Yang 1 protein, without any modifications in amino acids sequence is developed. The main aim of this work was to investigate the secondary structure rearrangements induced by heating and presence of Zn2+ ions. For this purpose two experimental methods were used: circular dichroism (CD) and tryptophan fluorescence spectroscopy. Full length YY1 protein and also N – terminal transactivation domain of YY1 (YY1-TAD) were studied. CD measurement showed significant changes in YY1-TAD structural arrangement under stimulation of Zn2+, manifested by increasing content of β-sheets. It was also found that YY1 tryptophan fluorescence spectra shows blue shift of fluorescence emission maximum induced by the presence of Zn2+. Obtained results suggest a decrease of polarity in Trp residues environment, which probably is indicating an increase of secondary structure elements and reduce compactness of molecule. In measurements induced by temperature, it have been investigated influence of desolvation on polypeptide chain conformation. For YY1 and YY1-TAD changes characteristic for IDP were observed, these structural arrangement may be affected by conformational transitions between statistical coil and pre-molten globule state (PMG).
dc.abstract.plpl
Multifunkcjonalny czynnik transkrypcyjny Yin Yang 1 posiada wysoką zawartość struktur nieuporządkowanych w warunkach natywnych. N – koniec sekwencji aminokwasowej YY1 odpowiadający za aktywacje transkrypcji zawiera fragment His11 rozdzielający sekwencje o wysokiej zawartości reszt naładowanych ujemnie. Rola fragmentu His11 dla funkcji i struktury YY1 jest nieznana, jednak jest to interesujący region ze względu na potencjalne wiązanie diwalentych kationów metali. W niniejszej pracy opracowano procedurę oczyszczania aktywnego ludzkiego białka YY1 bez modyfikacji w sekwencji. Głównym celem prezentowanych badań jest analiza rearanżacji struktury drugorzędowej białka YY1, indukowana wpływem temperatury oraz obecnością jonów Zn2+. W tym celu wykorzystano metody spektroskopii dichroizmu kołowego oraz spektroskopii fluorescencji reszt tryptofanowych. Badano zarówno białko YY1 pełnej długości jak i jego N-końcową domenę (YY1-TAD) przyjmującą stan kłębka statystycznego. W pomiarach CD zaobserwowano znaczącą zmianę konformacyjną YY1-TAD wywołaną obecnością jonów Zn2+, objawiającą się głównie wzrostem zawartości struktury β-arkusza. W badaniach spektroskopii fluorescencji pokazano zmianę otoczenia reszt Trp białka YY1 pod wpływem Zn2+ na mniej polarne. Świadczyć to może o indukowaniu zmian w strukturze białka, prowadzących do zwiększenia zawartości struktur drugorzędowych i zmniejszenia promienia hydrodynamicznego. W pomiarach stymulowanych temperaturą, badano wpływ desolwatacji łańcucha polipeptydowego, wynikający z zrywania sieci oddziaływań wodorowych na konformację łańcucha polipeptydowego białka YY1 i YY1-TAD. W tym przypadku zaobserwowano zmiany w strukturze są charakterystyczne dla białek samoistnie nieuporządkowanych.
dc.affiliationpl
Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii
dc.areapl
obszar nauk przyrodniczych
dc.contributor.advisorpl
Górecki, Andrzej - 102191
dc.contributor.authorpl
Wilamowski, Mateusz
dc.contributor.departmentbycodepl
UJK/WBBB
dc.contributor.reviewerpl
Osyczka, Artur - 131215
dc.contributor.reviewerpl
Górecki, Andrzej - 102191
dc.date.accessioned
2020-07-24T16:25:35Z
dc.date.available
2020-07-24T16:25:35Z
dc.date.submittedpl
2013-06-21
dc.fieldofstudypl
biofizyka
dc.identifier.apdpl
diploma-75051-96480
dc.identifier.projectpl
APD / O
dc.identifier.uri
https://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/187867
dc.languagepl
pol
dc.subject.enpl
Yin Yang 1;\nstructure;\nintrinsically disorder proteins;\nzinc;\ntemperature
dc.subject.plpl
Yin Yang 1;struktura;białka samoistnie nieuporządkowane;cynk;temperatura
dc.titlepl
Wpływ temperatury i obecności jonów Zn2+ na strukturę białka Yin Yang 1
dc.title.alternativepl
Changes in structure of Yin Yang 1 protein induced by temperature and presence of Zn2+ ions
dc.typepl
master
dspace.entity.type
Publication

* The migration of download and view statistics prior to the date of April 8, 2024 is in progress.

Views
18
Views per month
Views per city
Wroclaw
5
Poznan
2
Ashburn
1
Dublin
1
Katowice
1
Krakow
1
Krotoszyn
1
Lodz
1
Sosnowiec
1
Łapy
1

No access

No Thumbnail Available