Analiza wybranych sekwencji jądrowych u Phleum echinatum Host

master
dc.abstract.enPhleum echinatum Host is a plant that stands out from the Phleum related species. It shows reduced basic chromosome number, distinct karyotype asymmetry, significantly larger chromosomes, and increased DNA content in the genome. Moreover, this species is characterized by the presence of fragile sites in chromosomes. The emergence of such a specific karyotype could be correlated with stress-induced activation of transposons e.g. rearrangements of chromosomes. For this reason, it was decided to analyze the genomes of P. echinatum and his closest relatives (P. nodosum and P. alpinum) for the presence of transposon elements. Tests were led by using DNA amplification with REMAP and RAPD primers and sequencing of selected PCR reaction products.The tests carried on by REMAP assays have shown that, particularly with the products of TIM 2 and ISSR 5 primers, P. echinatum products can be distinguished from P. nodosum and P. alpinum by the distinctive banding profile. These products, due to the specificity of the primers used, provide evidence of the presence of specific transposon elements in the genome of the species under investigation. With the use of selected RAPD primers and sequencing of the selected products, the following transposon elements were identified in the P. echinatum: elements referring to retrotransposon BARE_N15C-1, gypsy-like LTR Ashbury-1, gypsy-like LTR Ashbury-2, fragment of the transposon En/Spm-like, moving element MITE: Eos-7 and retrotransposon gypsy solo-LTR.The research has shown that selected molecular methods can be successfully used for Phleum nuclear genome analysis for transposon content. The developed methodology and the results obtained can be used in further, more detailed studies on the structure and evolution of the P. echinatum genome.pl
dc.abstract.plPhleum echinatum Host jest rośliną wyróżniającą się na tle pokrewnych gatunków z rodzaju Phleum obniżoną podstawową liczbą chromosomów, wyraźną asymetrią kariotypu, znacznie większymi chromosomami i podwyższoną zawartością DNA w genomie. Gatunek ten charakteryzuje się ponadto występowaniem łamliwych miejsc w chromosomach. Powstanie tak specyficznego kariotypu mogło być to skorelowane z aktywacją transpozonów związaną ze stresem, jakim były rearanżacje chromosomów. Z tego powodu postanowiono przeanalizować genom P. echinatum i jego najbliższych krewnych (P. nodosum i P. alpinum) pod kątem występowania w nim elementów transpozonowych. Badania prowadzono z użyciem amplifikacji DNA za pomocą starterów REMAP i RAPD oraz sekwencjonowania wybranych produktów reakcji PCR. Testy przeprowadzone z użyciem metody REMAP wykazały, że szczególnie przy użyciu starterów TIM 2 i ISSR 5 można uzyskać u P. echinatum produkty wysoce odróżniające się profilem prążkowym od P. nodosum i P. alpinum. Produkty te, ze względu na specyfikę użytych starterów, stanowią dowód występowania specyficznych elementów transpozonowych w genomie badanego gatunku. Z użyciem wybranych starterów RAPD oraz sekwencjonowania wybranych produktów zidentyfikowano u P. echinatum elementy transpozonowe nawiązujące do retrotranspozonu BARE_N15C-1, gypsy-like LTR Ashbury-1, gypsy-like LTR Ashbury-2, fragmentu transpozonu En/Spm-like, ruchomego elementu MITE: Eos-7 oraz retrotranspozonu gypsy solo-LTR.Przeprowadzone badania dowiodły, że wybrane metody molekularne można z powodzeniem stosować do analizy genomu jądrowego Phleum pod kątem zawartości transpozonów. Opracowana w szczegółach metodyka oraz uzyskane wyniki będą mogły być wykorzystane w dalszych, bardziej szczegółowych badaniach nad budową i ewolucją genomu P. echinatum.pl
dc.affiliationWydział Biologiipl
dc.areaobszar nauk przyrodniczychpl
dc.contributor.advisorJoachimiak, Andrzej - 128533 pl
dc.contributor.authorRożeń, Magdalenapl
dc.contributor.departmentbycodeUJK/WBNOZpl
dc.contributor.reviewerJoachimiak, Andrzej - 128533 pl
dc.contributor.reviewerKwolek, Dagmarapl
dc.date.accessioned2020-07-27T04:52:12Z
dc.date.available2020-07-27T04:52:12Z
dc.date.submitted2017-07-07pl
dc.fieldofstudybiologiapl
dc.identifier.apddiploma-112360-142425pl
dc.identifier.projectAPD / Opl
dc.identifier.urihttps://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/217966
dc.languagepolpl
dc.subject.enPhleum echinatum, transposons, RAPD, REMAP, DNA sequencingpl
dc.subject.plPhleum echinatum, transpozony, RAPD, REMAP, sekwencjonowanie DNApl
dc.titleAnaliza wybranych sekwencji jądrowych u Phleum echinatum Hostpl
dc.title.alternativeAnalysis of selected nuclear sequences in Phleum echinatum Host.pl
dc.typemasterpl
dspace.entity.typePublication
dc.abstract.enpl
Phleum echinatum Host is a plant that stands out from the Phleum related species. It shows reduced basic chromosome number, distinct karyotype asymmetry, significantly larger chromosomes, and increased DNA content in the genome. Moreover, this species is characterized by the presence of fragile sites in chromosomes. The emergence of such a specific karyotype could be correlated with stress-induced activation of transposons e.g. rearrangements of chromosomes. For this reason, it was decided to analyze the genomes of P. echinatum and his closest relatives (P. nodosum and P. alpinum) for the presence of transposon elements. Tests were led by using DNA amplification with REMAP and RAPD primers and sequencing of selected PCR reaction products.The tests carried on by REMAP assays have shown that, particularly with the products of TIM 2 and ISSR 5 primers, P. echinatum products can be distinguished from P. nodosum and P. alpinum by the distinctive banding profile. These products, due to the specificity of the primers used, provide evidence of the presence of specific transposon elements in the genome of the species under investigation. With the use of selected RAPD primers and sequencing of the selected products, the following transposon elements were identified in the P. echinatum: elements referring to retrotransposon BARE_N15C-1, gypsy-like LTR Ashbury-1, gypsy-like LTR Ashbury-2, fragment of the transposon En/Spm-like, moving element MITE: Eos-7 and retrotransposon gypsy solo-LTR.The research has shown that selected molecular methods can be successfully used for Phleum nuclear genome analysis for transposon content. The developed methodology and the results obtained can be used in further, more detailed studies on the structure and evolution of the P. echinatum genome.
dc.abstract.plpl
Phleum echinatum Host jest rośliną wyróżniającą się na tle pokrewnych gatunków z rodzaju Phleum obniżoną podstawową liczbą chromosomów, wyraźną asymetrią kariotypu, znacznie większymi chromosomami i podwyższoną zawartością DNA w genomie. Gatunek ten charakteryzuje się ponadto występowaniem łamliwych miejsc w chromosomach. Powstanie tak specyficznego kariotypu mogło być to skorelowane z aktywacją transpozonów związaną ze stresem, jakim były rearanżacje chromosomów. Z tego powodu postanowiono przeanalizować genom P. echinatum i jego najbliższych krewnych (P. nodosum i P. alpinum) pod kątem występowania w nim elementów transpozonowych. Badania prowadzono z użyciem amplifikacji DNA za pomocą starterów REMAP i RAPD oraz sekwencjonowania wybranych produktów reakcji PCR. Testy przeprowadzone z użyciem metody REMAP wykazały, że szczególnie przy użyciu starterów TIM 2 i ISSR 5 można uzyskać u P. echinatum produkty wysoce odróżniające się profilem prążkowym od P. nodosum i P. alpinum. Produkty te, ze względu na specyfikę użytych starterów, stanowią dowód występowania specyficznych elementów transpozonowych w genomie badanego gatunku. Z użyciem wybranych starterów RAPD oraz sekwencjonowania wybranych produktów zidentyfikowano u P. echinatum elementy transpozonowe nawiązujące do retrotranspozonu BARE_N15C-1, gypsy-like LTR Ashbury-1, gypsy-like LTR Ashbury-2, fragmentu transpozonu En/Spm-like, ruchomego elementu MITE: Eos-7 oraz retrotranspozonu gypsy solo-LTR.Przeprowadzone badania dowiodły, że wybrane metody molekularne można z powodzeniem stosować do analizy genomu jądrowego Phleum pod kątem zawartości transpozonów. Opracowana w szczegółach metodyka oraz uzyskane wyniki będą mogły być wykorzystane w dalszych, bardziej szczegółowych badaniach nad budową i ewolucją genomu P. echinatum.
dc.affiliationpl
Wydział Biologii
dc.areapl
obszar nauk przyrodniczych
dc.contributor.advisorpl
Joachimiak, Andrzej - 128533
dc.contributor.authorpl
Rożeń, Magdalena
dc.contributor.departmentbycodepl
UJK/WBNOZ
dc.contributor.reviewerpl
Joachimiak, Andrzej - 128533
dc.contributor.reviewerpl
Kwolek, Dagmara
dc.date.accessioned
2020-07-27T04:52:12Z
dc.date.available
2020-07-27T04:52:12Z
dc.date.submittedpl
2017-07-07
dc.fieldofstudypl
biologia
dc.identifier.apdpl
diploma-112360-142425
dc.identifier.projectpl
APD / O
dc.identifier.uri
https://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/217966
dc.languagepl
pol
dc.subject.enpl
Phleum echinatum, transposons, RAPD, REMAP, DNA sequencing
dc.subject.plpl
Phleum echinatum, transpozony, RAPD, REMAP, sekwencjonowanie DNA
dc.titlepl
Analiza wybranych sekwencji jądrowych u Phleum echinatum Host
dc.title.alternativepl
Analysis of selected nuclear sequences in Phleum echinatum Host.
dc.typepl
master
dspace.entity.type
Publication
Affiliations

* The migration of download and view statistics prior to the date of April 8, 2024 is in progress.

Views
7
Views per month
Views per city
Opole
2
Wroclaw
2
Dublin
1
Krakow
1

No access

No Thumbnail Available