Modelowanie wpływu insercji i delecji na długość genomu na przykładzie odcinków AdhA i CesA w genomach Gossypium

master
dc.abstract.enInsertions and deletions, usually known as indels, are mutations that have a major impact on the evolution of the genome size. In the study the JindelFX program has been used to simulate the influence of indels on DNA length. The main aim of this study was to create models of AdhA and CesA regions of Gossypium genomes and to verify the evolution of these models using simulations with the impact of insertions, deletions, and in some cases transposons in the genome size. The selected parameters (size and frequency) corresponded approximately to the real values derived from the molecular studies. Simulations were performed using the "qualitative" and "quantitative" models and the results are presented in the form of tables and graphs. In almost all cases, the simulation results correspond approximately to the results of molecular studies, which suggest that the algorithms and modeling methods are correct.pl
dc.abstract.plInsercje i delecje, zwane razem indelami, należą do mutacji, które mają duży wpływ na ewolucję długości genomów. W celu badania tego zagadnienia użyto program JindelFX, przeznaczony do symulacji wpływu indeli na długość DNA. Praca polegała głównie na stworzenie modeli odcinków AdhA oraz CesA z genomów Gossypium a następnie sprawdzenie ewolucji tych modeli za pomocą symulacji wpływu insercji, delecji, a także w niektórych przypadków transpozonów, o parametrach (wielkości i częstości) odpowiadających w przybliżeniu wartościom rzeczywistym, pochodzącym z badań molekularnych. Symulacje przeprowadzono z użyciem dwu modeli, nazwanych roboczo „jakościowym” i „ilościowym” a także przeprowadzono obliczenia kontrolne. Wyniki przedstawiono w formie tabel i wykresów i poddano dyskusji. Niemal we wszystkich wypadkach wyniki symulacji odpowiadają w przybliżeniu wynikom badań molekularnych, co wskazuje, że zastosowane algorytmy i metody tworzenia modeli są poprawne.pl
dc.affiliationWydział Biologiipl
dc.areaobszar nauk przyrodniczychpl
dc.contributor.advisorGóralski, Grzegorz - 128136 pl
dc.contributor.authorMajewska, Jagodapl
dc.contributor.departmentbycodeUJK/WBNOZpl
dc.contributor.reviewerJoachimiak, Andrzej - 128533 pl
dc.contributor.reviewerGóralski, Grzegorz - 128136 pl
dc.date.accessioned2020-07-24T11:31:56Z
dc.date.available2020-07-24T11:31:56Z
dc.date.submitted2012-10-11pl
dc.fieldofstudy- ochrona przyrodypl
dc.fieldofstudybiologia i geologiapl
dc.identifier.apddiploma-70180-81359pl
dc.identifier.projectAPD / Opl
dc.identifier.urihttps://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/183307
dc.languagepolpl
dc.subject.eninsertion, deletion, plants, symulation, DNApl
dc.subject.plinsercje, delecje, DNA, rośliny, symulacje,pl
dc.titleModelowanie wpływu insercji i delecji na długość genomu na przykładzie odcinków AdhA i CesA w genomach Gossypiumpl
dc.title.alternativeModeling the effect of insertions and deletions on genome size in Gossypium ssp: CesA and AdhA case studiespl
dc.typemasterpl
dspace.entity.typePublication
dc.abstract.enpl
Insertions and deletions, usually known as indels, are mutations that have a major impact on the evolution of the genome size. In the study the JindelFX program has been used to simulate the influence of indels on DNA length. The main aim of this study was to create models of AdhA and CesA regions of Gossypium genomes and to verify the evolution of these models using simulations with the impact of insertions, deletions, and in some cases transposons in the genome size. The selected parameters (size and frequency) corresponded approximately to the real values derived from the molecular studies. Simulations were performed using the "qualitative" and "quantitative" models and the results are presented in the form of tables and graphs. In almost all cases, the simulation results correspond approximately to the results of molecular studies, which suggest that the algorithms and modeling methods are correct.
dc.abstract.plpl
Insercje i delecje, zwane razem indelami, należą do mutacji, które mają duży wpływ na ewolucję długości genomów. W celu badania tego zagadnienia użyto program JindelFX, przeznaczony do symulacji wpływu indeli na długość DNA. Praca polegała głównie na stworzenie modeli odcinków AdhA oraz CesA z genomów Gossypium a następnie sprawdzenie ewolucji tych modeli za pomocą symulacji wpływu insercji, delecji, a także w niektórych przypadków transpozonów, o parametrach (wielkości i częstości) odpowiadających w przybliżeniu wartościom rzeczywistym, pochodzącym z badań molekularnych. Symulacje przeprowadzono z użyciem dwu modeli, nazwanych roboczo „jakościowym” i „ilościowym” a także przeprowadzono obliczenia kontrolne. Wyniki przedstawiono w formie tabel i wykresów i poddano dyskusji. Niemal we wszystkich wypadkach wyniki symulacji odpowiadają w przybliżeniu wynikom badań molekularnych, co wskazuje, że zastosowane algorytmy i metody tworzenia modeli są poprawne.
dc.affiliationpl
Wydział Biologii
dc.areapl
obszar nauk przyrodniczych
dc.contributor.advisorpl
Góralski, Grzegorz - 128136
dc.contributor.authorpl
Majewska, Jagoda
dc.contributor.departmentbycodepl
UJK/WBNOZ
dc.contributor.reviewerpl
Joachimiak, Andrzej - 128533
dc.contributor.reviewerpl
Góralski, Grzegorz - 128136
dc.date.accessioned
2020-07-24T11:31:56Z
dc.date.available
2020-07-24T11:31:56Z
dc.date.submittedpl
2012-10-11
dc.fieldofstudypl
- ochrona przyrody
dc.fieldofstudypl
biologia i geologia
dc.identifier.apdpl
diploma-70180-81359
dc.identifier.projectpl
APD / O
dc.identifier.uri
https://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/183307
dc.languagepl
pol
dc.subject.enpl
insertion, deletion, plants, symulation, DNA
dc.subject.plpl
insercje, delecje, DNA, rośliny, symulacje,
dc.titlepl
Modelowanie wpływu insercji i delecji na długość genomu na przykładzie odcinków AdhA i CesA w genomach Gossypium
dc.title.alternativepl
Modeling the effect of insertions and deletions on genome size in Gossypium ssp: CesA and AdhA case studies
dc.typepl
master
dspace.entity.type
Publication
Affiliations

* The migration of download and view statistics prior to the date of April 8, 2024 is in progress.

Views
11
Views per month
Views per city
Dublin
2
Wroclaw
2
Konin
1
Sofia
1
Warsaw
1

No access

No Thumbnail Available