Expression of the Oprm1 gene in the mouse striatum and prefrontal cortex

master
dc.abstract.enThe murine μ opioid receptor is encoded by the Oprm1 gene located in the qA1 region of chromosome 10. The gene undergoes extensive alternative splicing, with approximately 30 transcript variants and multiple protein isoforms reported so far. Here, I investigated the expression of Oprm1 transcripts in selected brain regions, specifically the striatum and the prefrontal cortex of adult mice bred on C57BL/6N background. In the experiments, several mRNA detection assays were used, among them, qPCR, RT-PCR, Oxford Nanopore Sequencing (ONS), and RNAscope in situ hybridization (ISH). The research confirmed the expression of variant types that contain either exon 4 or exon 7 at their 3' end. Furthermore, RT-PCR revealed the presence of Oprm1 mRNA containing exon 19, similar to previously reported MOR-1U, MOR-1Eii, and MOR-1Eiv. No evidence for transcription of exon 11 was found. Interestingly, the sequencing data showed the existence of a previously unidentified 10 kbp-long contig downstream of exon 4 – a putative long 3’UTR of Oprm1. To confirm that the contig is a part of the μ opioid receptor’s mRNA, I have performed a preliminary ISH analysis using the RNAscope method. Initial results confirmed the presence of the putative long Oprm1 3’ UTR in the striatum and the prefrontal cortex, though due to technical issues transcript variant overlap could not be determined. In future research, I would like to repeat the ISH experiments with protocol modifications, as well as assess the distribution of the putative long Oprm1-3’UTR in various cell types.pl
dc.abstract.plReceptor opioidowy μ u myszy kodowany jest przez znajdujący się na chromosomie 10 gen Oprm1. Gen ulega silnej alternatywnej transkrypcji, w wyniku której powstaje ponad 30 wariantów mRNA, co skutkuje istnieniem kilkunastu form białkowych receptora. Celem pracy magisterskiej było określenie występowania wybranych wariantów transkrypcyjnych w prążkowiu oraz korze przedczołowej dorosłych myszy hodowanych na tle genetycznym C57BL/6N. W pracy wykorzystano szereg technik badania mRNA, w tym: reakcje RT-PCR, qPCR, sekwencjonowanie Oxford Nanopore oraz hybrydyzację in situ metodą RNAscope. Uzyskane dane pozwoliły na potwierdzenie obecności dwóch rodzajów transkryptów genu Oprm1: posiadających egzon 4 oraz posiadających egzon 7. Wyniki reakcji RT-PCR umożliwiły zaobserwowanie transkryptów posiadających egzon 19, podobnych do wcześniej zidentyfikowanych form MOR-1U, MOR-1Eii i MOR-1Eiv. Nie zaobserwowano ekspresji wariantów posiadających egzon 11 na końcu 5’. Co ciekawe, wyniki sekwencjonowania Oxford Nanopore wykazały występowanie rozciągającego się na długości około 10 tyś. par zasad regionu o wysokim pokryciu odczytami. Region zaobserwowano poniżej egzonu 4, co sugeruje, że może on stanowić obszar 3’UTRu dla wariantów transkrypcyjnych zawierających ten egzon. W celu potwierdzenia występowania długiego transkryptu genu Oprm1, wykonano hybrydyzację in situ metodą RNAscope. Wstępne wyniki potwierdziły obecność długiego 3’UTRu w prążkowiu i korze przedczołowej myszy, jednak z powodów technicznych nie pozwoliły na określenie kolokalizacji z standardową sondą dla genu Oprm1. Celem kolejnych doświadczeń będzie kontynuacja doświadczeń z użyciem metody RNAscope i dostosowanie jej protokołu, w celu określenia kolokalizacji mRNA dla Oprm1 oraz wskazania typów komórek, w których obecne są długie formy transkrypcyjne.pl
dc.affiliationWydział Biologiipl
dc.areaobszar nauk przyrodniczychpl
dc.contributor.advisorRodriguez Parkitna, Janpl
dc.contributor.authorChrószcz, Magdalenapl
dc.contributor.departmentbycodeUJK/WBNOZpl
dc.contributor.reviewerRodriguez Parkitna, Janpl
dc.contributor.reviewerBłasiak, Anna - 162093 pl
dc.date.accessioned2022-10-31T22:45:10Z
dc.date.available2022-10-31T22:45:10Z
dc.date.submitted2022-10-28pl
dc.fieldofstudyneurobiologiapl
dc.identifier.apddiploma-158773-246262pl
dc.identifier.urihttps://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/303108
dc.languageengpl
dc.subject.enOprm1, alternative transcription, 3’UTR, μ-opioid receptor, sequencingpl
dc.subject.plOprm1, alternatywna transkrypcja, 3’UTR, receptor opioidowy μ, sekwencjonowaniepl
dc.titleExpression of the Oprm1 gene in the mouse striatum and prefrontal cortexpl
dc.title.alternativeEkspresja genu Oprm1 w prążkowiu oraz korze przedczołowej myszypl
dc.typemasterpl
dspace.entity.typePublication
dc.abstract.enpl
The murine μ opioid receptor is encoded by the Oprm1 gene located in the qA1 region of chromosome 10. The gene undergoes extensive alternative splicing, with approximately 30 transcript variants and multiple protein isoforms reported so far. Here, I investigated the expression of Oprm1 transcripts in selected brain regions, specifically the striatum and the prefrontal cortex of adult mice bred on C57BL/6N background. In the experiments, several mRNA detection assays were used, among them, qPCR, RT-PCR, Oxford Nanopore Sequencing (ONS), and RNAscope in situ hybridization (ISH). The research confirmed the expression of variant types that contain either exon 4 or exon 7 at their 3' end. Furthermore, RT-PCR revealed the presence of Oprm1 mRNA containing exon 19, similar to previously reported MOR-1U, MOR-1Eii, and MOR-1Eiv. No evidence for transcription of exon 11 was found. Interestingly, the sequencing data showed the existence of a previously unidentified 10 kbp-long contig downstream of exon 4 – a putative long 3’UTR of Oprm1. To confirm that the contig is a part of the μ opioid receptor’s mRNA, I have performed a preliminary ISH analysis using the RNAscope method. Initial results confirmed the presence of the putative long Oprm1 3’ UTR in the striatum and the prefrontal cortex, though due to technical issues transcript variant overlap could not be determined. In future research, I would like to repeat the ISH experiments with protocol modifications, as well as assess the distribution of the putative long Oprm1-3’UTR in various cell types.
dc.abstract.plpl
Receptor opioidowy μ u myszy kodowany jest przez znajdujący się na chromosomie 10 gen Oprm1. Gen ulega silnej alternatywnej transkrypcji, w wyniku której powstaje ponad 30 wariantów mRNA, co skutkuje istnieniem kilkunastu form białkowych receptora. Celem pracy magisterskiej było określenie występowania wybranych wariantów transkrypcyjnych w prążkowiu oraz korze przedczołowej dorosłych myszy hodowanych na tle genetycznym C57BL/6N. W pracy wykorzystano szereg technik badania mRNA, w tym: reakcje RT-PCR, qPCR, sekwencjonowanie Oxford Nanopore oraz hybrydyzację in situ metodą RNAscope. Uzyskane dane pozwoliły na potwierdzenie obecności dwóch rodzajów transkryptów genu Oprm1: posiadających egzon 4 oraz posiadających egzon 7. Wyniki reakcji RT-PCR umożliwiły zaobserwowanie transkryptów posiadających egzon 19, podobnych do wcześniej zidentyfikowanych form MOR-1U, MOR-1Eii i MOR-1Eiv. Nie zaobserwowano ekspresji wariantów posiadających egzon 11 na końcu 5’. Co ciekawe, wyniki sekwencjonowania Oxford Nanopore wykazały występowanie rozciągającego się na długości około 10 tyś. par zasad regionu o wysokim pokryciu odczytami. Region zaobserwowano poniżej egzonu 4, co sugeruje, że może on stanowić obszar 3’UTRu dla wariantów transkrypcyjnych zawierających ten egzon. W celu potwierdzenia występowania długiego transkryptu genu Oprm1, wykonano hybrydyzację in situ metodą RNAscope. Wstępne wyniki potwierdziły obecność długiego 3’UTRu w prążkowiu i korze przedczołowej myszy, jednak z powodów technicznych nie pozwoliły na określenie kolokalizacji z standardową sondą dla genu Oprm1. Celem kolejnych doświadczeń będzie kontynuacja doświadczeń z użyciem metody RNAscope i dostosowanie jej protokołu, w celu określenia kolokalizacji mRNA dla Oprm1 oraz wskazania typów komórek, w których obecne są długie formy transkrypcyjne.
dc.affiliationpl
Wydział Biologii
dc.areapl
obszar nauk przyrodniczych
dc.contributor.advisorpl
Rodriguez Parkitna, Jan
dc.contributor.authorpl
Chrószcz, Magdalena
dc.contributor.departmentbycodepl
UJK/WBNOZ
dc.contributor.reviewerpl
Rodriguez Parkitna, Jan
dc.contributor.reviewerpl
Błasiak, Anna - 162093
dc.date.accessioned
2022-10-31T22:45:10Z
dc.date.available
2022-10-31T22:45:10Z
dc.date.submittedpl
2022-10-28
dc.fieldofstudypl
neurobiologia
dc.identifier.apdpl
diploma-158773-246262
dc.identifier.uri
https://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/303108
dc.languagepl
eng
dc.subject.enpl
Oprm1, alternative transcription, 3’UTR, μ-opioid receptor, sequencing
dc.subject.plpl
Oprm1, alternatywna transkrypcja, 3’UTR, receptor opioidowy μ, sekwencjonowanie
dc.titlepl
Expression of the Oprm1 gene in the mouse striatum and prefrontal cortex
dc.title.alternativepl
Ekspresja genu Oprm1 w prążkowiu oraz korze przedczołowej myszy
dc.typepl
master
dspace.entity.type
Publication
Affiliations

* The migration of download and view statistics prior to the date of April 8, 2024 is in progress.

Views
1
Views per month
Views per city
Gdynia
1

No access

No Thumbnail Available
Collections