Zastosowanie obrazowania FTIR do wyznaczenia markerów stanu dysfunkcji komórek

master
dc.abstract.enConducting intensive research on tumor cells and tumor leads to knowledge about the mechanisms of cancer and predicting its further changes. It is very important to get the ability to detect cancerous changes at the level of individual cells, which would increase the effectiveness of cancer diagnosis. The aim of the research was to determine changes in IR specta of the state of endhothelial dysfunction treated with tumor necrosis factor (TNFa, pl. Czynnik Martwicy Nowotworu) comparing to control cells. Performing FTIR imaging in standard (with pixel size of 5,5um) and high (with pixel size of 1,1um) spatial resolution allowed to identify characteristic bands of the action of TNFa on endothelial cells EA.hy926 and HLMVEC. Measurements were carried out with spectral resolutions of 6 cm-1 and 8 cm-1 using transmission and transflection techniques. FTIR spectra from standard magnification were analyze by UHCA (Unsupervised Hierarchical Cluster Analysis) and from high magnification by KMC (k-Means Clustering). UHCA method was used to extract chemical image of whole cells. While KMC analysis extracted classes of the central (nucleus and and the nearest environment) and peripheral (mainly cytoplasm) parts of cells. After HCA/KMC analysis, mean FTIR spectra were used to calculate a level of discrimination using PCA (Principal Component Analysis) and finally to construct charts of chemical changes in cells induced by TNFα vs control. Results provided general chemical information about the effect of tumor necrosis factor on endothelial cells. FTIR imaging enables the analysis of changes in cell components such as lipids, proteins, sugars and nucleic acids.pl
dc.abstract.plProwadzenie badań nad nowotworami zwiększa możliwość ich wykrycia na poziomie pojedynczych komórek nowotworowych. Celem pracy było wyznaczenie spektralnych markerów stanu dysfunkcji komórek śródbłonka Ea.hy926 i HLMVEC w odpowiedzi na działanie czynnika zapalnego TNFa. Przeprowadzenie pomiarów w trybie standardowej (rozmiar piksela ~5,5um) i wysokiej (rozmiar piksela ~1,1um) rozdzielczości przestrzennej umożliwiły identyfikację charakterystycznych pasm dla działania TNFa. Obrazowanie prowadzono z rozdzielczością 6 cm-1 i 8 cm-1, używając techniki transmisji i transfleksji. Uzyskane widma FTIR analizowano z wykorzystaniem metody Hierarchicznej Analizy Skupień (ang. Hierarchical Cluster Analysis, HCA) oraz Analizy Skupień k-Średnich (ang. k-Means Clustering. KMC). Analiza metodą HCA pozwoliła na wyodrębnienie klasy komórek, a przy pomocy analizy KMC wyodrębniono klasę odpowiadającą zewnętrznej (głównie cytoplazma) i centralnej części komórek (jądro i najbliższe otoczenie). Przeprowadzona następnie analiza głównych składowych (ang. Principal Cluster Analysis, PCA) pozwoliła na przeanalizowanie zmienności głównych elementów próbki oraz redukcję zmiennych. Otrzymane wyniki jak i skonstruowane wykresy porównawcze komórki kontrolne vs komórki inkubowane TNFa wykazały, że TNFa silniej działa na zewnętrzne części komórek, co obserwowane jest na widmach jako spadek intensywności m.in: pasm lipidowych czy pasma amidowego I. Dodatkowo wykazano różnice między wynikami uzyskanymi w trybie transmisji i transfleksji. Obrazowanie FTIR umożliwiło analizę widm biokomponentów, tj. lipidów, białek, kwasów nukleinowych czy cukrów występujących w komórkach.pl
dc.affiliationWydział Chemiipl
dc.areaobszar nauk ścisłychpl
dc.contributor.advisorMałek, Kamilla - 130284 pl
dc.contributor.authorSzkaradek, Kingapl
dc.contributor.departmentbycodeUJK/WC3pl
dc.contributor.reviewerWydro, Paweł - 132797 pl
dc.contributor.reviewerMałek, Kamilla - 130284 pl
dc.date.accessioned2020-07-26T19:51:05Z
dc.date.available2020-07-26T19:51:05Z
dc.date.submitted2016-06-22pl
dc.fieldofstudychemiapl
dc.identifier.apddiploma-103108-143193pl
dc.identifier.projectAPD / Opl
dc.identifier.urihttps://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/209662
dc.languagepolpl
dc.subject.enFTIR imaging, inflammation, TNFa, characteristic bandspl
dc.subject.plobrazowanie FTIR, stan zapalny, pasma charakterystyczne, TNFapl
dc.titleZastosowanie obrazowania FTIR do wyznaczenia markerów stanu dysfunkcji komórekpl
dc.title.alternativeApplication of FTIR imaging to determine markers of cell dysfunctionpl
dc.typemasterpl
dspace.entity.typePublication
dc.abstract.enpl
Conducting intensive research on tumor cells and tumor leads to knowledge about the mechanisms of cancer and predicting its further changes. It is very important to get the ability to detect cancerous changes at the level of individual cells, which would increase the effectiveness of cancer diagnosis. The aim of the research was to determine changes in IR specta of the state of endhothelial dysfunction treated with tumor necrosis factor (TNFa, pl. Czynnik Martwicy Nowotworu) comparing to control cells. Performing FTIR imaging in standard (with pixel size of 5,5um) and high (with pixel size of 1,1um) spatial resolution allowed to identify characteristic bands of the action of TNFa on endothelial cells EA.hy926 and HLMVEC. Measurements were carried out with spectral resolutions of 6 cm-1 and 8 cm-1 using transmission and transflection techniques. FTIR spectra from standard magnification were analyze by UHCA (Unsupervised Hierarchical Cluster Analysis) and from high magnification by KMC (k-Means Clustering). UHCA method was used to extract chemical image of whole cells. While KMC analysis extracted classes of the central (nucleus and and the nearest environment) and peripheral (mainly cytoplasm) parts of cells. After HCA/KMC analysis, mean FTIR spectra were used to calculate a level of discrimination using PCA (Principal Component Analysis) and finally to construct charts of chemical changes in cells induced by TNFα vs control. Results provided general chemical information about the effect of tumor necrosis factor on endothelial cells. FTIR imaging enables the analysis of changes in cell components such as lipids, proteins, sugars and nucleic acids.
dc.abstract.plpl
Prowadzenie badań nad nowotworami zwiększa możliwość ich wykrycia na poziomie pojedynczych komórek nowotworowych. Celem pracy było wyznaczenie spektralnych markerów stanu dysfunkcji komórek śródbłonka Ea.hy926 i HLMVEC w odpowiedzi na działanie czynnika zapalnego TNFa. Przeprowadzenie pomiarów w trybie standardowej (rozmiar piksela ~5,5um) i wysokiej (rozmiar piksela ~1,1um) rozdzielczości przestrzennej umożliwiły identyfikację charakterystycznych pasm dla działania TNFa. Obrazowanie prowadzono z rozdzielczością 6 cm-1 i 8 cm-1, używając techniki transmisji i transfleksji. Uzyskane widma FTIR analizowano z wykorzystaniem metody Hierarchicznej Analizy Skupień (ang. Hierarchical Cluster Analysis, HCA) oraz Analizy Skupień k-Średnich (ang. k-Means Clustering. KMC). Analiza metodą HCA pozwoliła na wyodrębnienie klasy komórek, a przy pomocy analizy KMC wyodrębniono klasę odpowiadającą zewnętrznej (głównie cytoplazma) i centralnej części komórek (jądro i najbliższe otoczenie). Przeprowadzona następnie analiza głównych składowych (ang. Principal Cluster Analysis, PCA) pozwoliła na przeanalizowanie zmienności głównych elementów próbki oraz redukcję zmiennych. Otrzymane wyniki jak i skonstruowane wykresy porównawcze komórki kontrolne vs komórki inkubowane TNFa wykazały, że TNFa silniej działa na zewnętrzne części komórek, co obserwowane jest na widmach jako spadek intensywności m.in: pasm lipidowych czy pasma amidowego I. Dodatkowo wykazano różnice między wynikami uzyskanymi w trybie transmisji i transfleksji. Obrazowanie FTIR umożliwiło analizę widm biokomponentów, tj. lipidów, białek, kwasów nukleinowych czy cukrów występujących w komórkach.
dc.affiliationpl
Wydział Chemii
dc.areapl
obszar nauk ścisłych
dc.contributor.advisorpl
Małek, Kamilla - 130284
dc.contributor.authorpl
Szkaradek, Kinga
dc.contributor.departmentbycodepl
UJK/WC3
dc.contributor.reviewerpl
Wydro, Paweł - 132797
dc.contributor.reviewerpl
Małek, Kamilla - 130284
dc.date.accessioned
2020-07-26T19:51:05Z
dc.date.available
2020-07-26T19:51:05Z
dc.date.submittedpl
2016-06-22
dc.fieldofstudypl
chemia
dc.identifier.apdpl
diploma-103108-143193
dc.identifier.projectpl
APD / O
dc.identifier.uri
https://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/209662
dc.languagepl
pol
dc.subject.enpl
FTIR imaging, inflammation, TNFa, characteristic bands
dc.subject.plpl
obrazowanie FTIR, stan zapalny, pasma charakterystyczne, TNFa
dc.titlepl
Zastosowanie obrazowania FTIR do wyznaczenia markerów stanu dysfunkcji komórek
dc.title.alternativepl
Application of FTIR imaging to determine markers of cell dysfunction
dc.typepl
master
dspace.entity.type
Publication

* The migration of download and view statistics prior to the date of April 8, 2024 is in progress.

Views
33
Views per month
Views per city
Krakow
5
Lodz
3
Dublin
2
Frankenthal
2
Polchowo
2
Wroclaw
2
Bydgoszcz
1
Debica
1
Gliwice
1
Glubczyce
1

No access

No Thumbnail Available