Wpływ doksorubicyny na poziom ekspresji genów ACTA2, TNFRSF10B oraz PPM1D w komórkach ludzkiej linii neuroblastoma IMR-32

master
dc.abstract.enNeuroblastoma (NBL) is one of the most common solid tumor of childhood. It originates from sympatethic nervous system. Despite aggressive methods of therapy of the children above 1 year of age, with the clinically advanced disease (IV stage), the response to treatment is rather poor and the 5 year survival rate is only around 30%.Based on microarray results indicating the increased expression of mRNA levels of certain genes after the incubation of neuroblastoma human cell line IMR-32 with doxorubicin (DOX), which is a drug employed in NBL therapy, three genes were chosen for further analyses, i.e., ACTA2, TNFRSF10B and PPM1D. The experimental model the aforementioned cell line IMR-32 was used as well as two concentrations of the doxorubicin, 0,015 μM and 0,03 μM, were applied. The effect of the drug on the levels of the transcript of examined genes transcript was evaluated using semiquantitive methods, such as the RT-PCR and the Western blot. In case of the WIP-1 (encoded by PPM1D) also the protein levels were estimated after 24-hour incubation with DOX. The results of the study showed that the drug influenced the transcript levels of the TNFRS10B and the PPM1D genes. A significant increase of the mRNA level of these genes correlated with the rising DOX concentration. In case of the ACTA2 gene such a correlation was not observed, probably due to poor starter performance in the PCR. Likewise, the increase of the PPM1D mRNA level could not be correlated with the rise in the protein level following 24-hour incubation of the cells with DOX. Futher experiments with different concentrations of the cytotoxic drug and/or incubation periods of the drug with the cells could be performed to gain more data on influence of the drug on expression levels of the three investigated genes.pl
dc.abstract.otherNeuroblastoma (NBL) jest jednym z najczęściej występujących guzów litych u dzieci wywodzącym się z sympatycznego układu nerwowego. Pomimo wdrożenia intensywnych programów terapeutycznych, dzieci powyżej 1 roku, u których choroba osiągnęła stadium IV, przejawiają słabą odpowiedź na leczenie, a 5-letni wskaźnik przeżywalności wynosi zaledwie 30%.Bazując na wynikach badań uzyskanych z analiz mikromacierzy, a dotyczących zmian ekspresji na poziomie mRNA poszczególnych genów, po inkubacji komórek ludzkiej linii neuroblastoma IMR-32 z doksorubicyną (DOX), lekiem powszechnie stosowanym w terapii NBL, wybrano do doświadczeń trzy geny: ACTA2, TNFRSF10B i PPM1D. Jako model doświadczalny wykorzystano wspomnianą powyżej linię komórkową IMR-32, a także doksorubicynę jako cytostatyk, którym traktowano komórki w dwóch stężeniach (0,015 μM i 0,03 μM). Następnie przy użyciu metod półilościowych, takich jak RT-PCR oraz Western blot, dokonywano oceny wpływu leku na poziom transkryptu badanych genów, a w przypadku PPM1D oceniano również poziom jego produktu – białka WIP-1, po upływie 24 godz. inkubacji komórek z DOX.Uzyskane wyniki dowodziły oddziaływania cytostatyku na ekspresję genów TNFRS10B oraz PPM1D przez zmianę poziomu transkryptu. Zaobserwowano znaczący przyrost poziomu mRNA tych genów, który był zależny od stężenia DOX. W przypadku ACTA2 nie udało się wykazać podobnej zależności, przypuszczalnie ze względu na niewłaściwy dobór zastosowanych starterów. Nie stwierdzono także przełożenia na poziom białka zaobserwowanego efektu przyrostu ekspresji na poziomie mRNA genu PPM1D, po 24 godz. inkubacji komórek z doksorubicyną w stężeniu 0,03 μM. W celu weryfikacji otrzymanych wyników należałoby przeprowadzić kolejne badania zakładające, między innymi zmianę stężenia cytostatyku i/lub inne czasy inkubacji komórek z lekiem, czy też inne metody izolacji białkapl
dc.affiliationWydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologiipl
dc.areaobszar nauk przyrodniczychpl
dc.contributor.advisorHorwacik, Irena - 128351 pl
dc.contributor.authorKarzyńska, Joannapl
dc.contributor.departmentbycodeUJK/WBBBpl
dc.contributor.reviewerRokita, Hanna - 131675 pl
dc.contributor.reviewerHorwacik, Irena - 128351 pl
dc.date.accessioned2020-07-14T21:19:05Z
dc.date.available2020-07-14T21:19:05Z
dc.date.submitted2011-06-27pl
dc.fieldofstudybiotechnologiapl
dc.identifier.apddiploma-56917-61956pl
dc.identifier.projectAPD / Opl
dc.identifier.urihttps://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/171321
dc.subject.enneuroblastoma, IMR-32, ACTA2, TNFRSF10B, PPM1D, WIP-1pl
dc.subject.otherneuroblastoma, IMR-32, ACTA2, TNFRSF10B, PPM1D, WIP-1pl
dc.titleWpływ doksorubicyny na poziom ekspresji genów ACTA2, TNFRSF10B oraz PPM1D w komórkach ludzkiej linii neuroblastoma IMR-32pl
dc.title.alternativeThe influence of doxorubicin on the level of expression of the genes ACTA2, TNFRSF10B and PPM1D in the IMR-32 neuroblastoma cell linepl
dc.typemasterpl
dspace.entity.typePublication
dc.abstract.enpl
Neuroblastoma (NBL) is one of the most common solid tumor of childhood. It originates from sympatethic nervous system. Despite aggressive methods of therapy of the children above 1 year of age, with the clinically advanced disease (IV stage), the response to treatment is rather poor and the 5 year survival rate is only around 30%.Based on microarray results indicating the increased expression of mRNA levels of certain genes after the incubation of neuroblastoma human cell line IMR-32 with doxorubicin (DOX), which is a drug employed in NBL therapy, three genes were chosen for further analyses, i.e., ACTA2, TNFRSF10B and PPM1D. The experimental model the aforementioned cell line IMR-32 was used as well as two concentrations of the doxorubicin, 0,015 μM and 0,03 μM, were applied. The effect of the drug on the levels of the transcript of examined genes transcript was evaluated using semiquantitive methods, such as the RT-PCR and the Western blot. In case of the WIP-1 (encoded by PPM1D) also the protein levels were estimated after 24-hour incubation with DOX. The results of the study showed that the drug influenced the transcript levels of the TNFRS10B and the PPM1D genes. A significant increase of the mRNA level of these genes correlated with the rising DOX concentration. In case of the ACTA2 gene such a correlation was not observed, probably due to poor starter performance in the PCR. Likewise, the increase of the PPM1D mRNA level could not be correlated with the rise in the protein level following 24-hour incubation of the cells with DOX. Futher experiments with different concentrations of the cytotoxic drug and/or incubation periods of the drug with the cells could be performed to gain more data on influence of the drug on expression levels of the three investigated genes.
dc.abstract.otherpl
Neuroblastoma (NBL) jest jednym z najczęściej występujących guzów litych u dzieci wywodzącym się z sympatycznego układu nerwowego. Pomimo wdrożenia intensywnych programów terapeutycznych, dzieci powyżej 1 roku, u których choroba osiągnęła stadium IV, przejawiają słabą odpowiedź na leczenie, a 5-letni wskaźnik przeżywalności wynosi zaledwie 30%.Bazując na wynikach badań uzyskanych z analiz mikromacierzy, a dotyczących zmian ekspresji na poziomie mRNA poszczególnych genów, po inkubacji komórek ludzkiej linii neuroblastoma IMR-32 z doksorubicyną (DOX), lekiem powszechnie stosowanym w terapii NBL, wybrano do doświadczeń trzy geny: ACTA2, TNFRSF10B i PPM1D. Jako model doświadczalny wykorzystano wspomnianą powyżej linię komórkową IMR-32, a także doksorubicynę jako cytostatyk, którym traktowano komórki w dwóch stężeniach (0,015 μM i 0,03 μM). Następnie przy użyciu metod półilościowych, takich jak RT-PCR oraz Western blot, dokonywano oceny wpływu leku na poziom transkryptu badanych genów, a w przypadku PPM1D oceniano również poziom jego produktu – białka WIP-1, po upływie 24 godz. inkubacji komórek z DOX.Uzyskane wyniki dowodziły oddziaływania cytostatyku na ekspresję genów TNFRS10B oraz PPM1D przez zmianę poziomu transkryptu. Zaobserwowano znaczący przyrost poziomu mRNA tych genów, który był zależny od stężenia DOX. W przypadku ACTA2 nie udało się wykazać podobnej zależności, przypuszczalnie ze względu na niewłaściwy dobór zastosowanych starterów. Nie stwierdzono także przełożenia na poziom białka zaobserwowanego efektu przyrostu ekspresji na poziomie mRNA genu PPM1D, po 24 godz. inkubacji komórek z doksorubicyną w stężeniu 0,03 μM. W celu weryfikacji otrzymanych wyników należałoby przeprowadzić kolejne badania zakładające, między innymi zmianę stężenia cytostatyku i/lub inne czasy inkubacji komórek z lekiem, czy też inne metody izolacji białka
dc.affiliationpl
Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii
dc.areapl
obszar nauk przyrodniczych
dc.contributor.advisorpl
Horwacik, Irena - 128351
dc.contributor.authorpl
Karzyńska, Joanna
dc.contributor.departmentbycodepl
UJK/WBBB
dc.contributor.reviewerpl
Rokita, Hanna - 131675
dc.contributor.reviewerpl
Horwacik, Irena - 128351
dc.date.accessioned
2020-07-14T21:19:05Z
dc.date.available
2020-07-14T21:19:05Z
dc.date.submittedpl
2011-06-27
dc.fieldofstudypl
biotechnologia
dc.identifier.apdpl
diploma-56917-61956
dc.identifier.projectpl
APD / O
dc.identifier.uri
https://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/171321
dc.subject.enpl
neuroblastoma, IMR-32, ACTA2, TNFRSF10B, PPM1D, WIP-1
dc.subject.otherpl
neuroblastoma, IMR-32, ACTA2, TNFRSF10B, PPM1D, WIP-1
dc.titlepl
Wpływ doksorubicyny na poziom ekspresji genów ACTA2, TNFRSF10B oraz PPM1D w komórkach ludzkiej linii neuroblastoma IMR-32
dc.title.alternativepl
The influence of doxorubicin on the level of expression of the genes ACTA2, TNFRSF10B and PPM1D in the IMR-32 neuroblastoma cell line
dc.typepl
master
dspace.entity.type
Publication
Affiliations

* The migration of download and view statistics prior to the date of April 8, 2024 is in progress.

Views
7
Views per month
Views per city
Wroclaw
2
Dublin
1
Jagiella
1
Rzeszów
1
Szczecin
1

No access

No Thumbnail Available