Identyfikacja O-GlcNAcylowanych białek w czerniaku. Mapowanie miejsc glikozylacji

master
dc.abstract.enMelanoma is derived from cancer-transformed pigment cells. The disease is often diagnosed in the metastatic phase, hence the high mortality of patients. O-GlcNAcylation is a post-translational modification of proteins involving the addition of a single β-N-acetylglucosamine (GlcNAc) residue by an O-glycosidic linkage to serine or threonine. This process is dynamic and reversible, and it is subject to intracellular proteins: mitochondrial, nuclear and cytosolic. Two enzymes are involved in regulation of the O-GlcNAcylation cycle: O-GlcNAc transferase (OGT), which catalyzes the attachment of N-acetylglucosamine residues and β-N-acetylglucosaminidase (OGA), which is responsible for the removal of GlcNAc residues. O-GlcNAcylated proteins play many important functions in the cell, such as cell cycle regulation, signal transduction, transcription, translation or response to cellular stress. Protein O-GlcNA protein abnormalities are observed in some disease, such as diabetes, neurodegenerative diseases or cancer. Changes in the O-GlcNAcylation level of proteins may have an effect on proliferation, angiogenesis, metastasis and invasion of cancer cells, and indirectly affect many factors important in the formation and development of cancer. This paper presents an attempt to identify O-GlcNAcylated proteins and glycosylation sites in WM226-4 metastatic melanoma cells. To this aim, the cell extract proteins were trypsinized, followed by immunoprecipitation with antibodies recognizing the O-GlcNAc residue. O-GlcNAcillated tryptic peptides were analyzed by tandem liquid chromatography-mass spectrometry and the obtained results were analyzed using bioinformatics techniques. 129 (including 77 new) O-GlcNAcylation proteins were identified and 45 sites of the GlcNAc residue attachment were clearly mapped. Among them, there are many proteins important for the neoplastic process, including energy pathway proteins, proteins participate in metabolism, proteins involved in their folding, cytoskeletal components, chaperones and transcription factors. Importantly, according to dbDEPC 3.0, about 30% of genes for identified proteins show variable expression in melanoma, which suggests that they are important in the progression of this cancer.pl
dc.abstract.plCzerniak wywodzi się ze zmienionych nowotworowo komórek barwnikowych. Choroba jest często diagnozowana w fazie przerzutu, stąd wysoka śmiertelność pacjentów. O-GlcNAcylacja to potranslacyjna modyfikacja białek, polegająca na dołączeniu pojedynczej reszty β-N-acetyloglukozaminy (GlcNAc) wiązaniem O-glikozydowym do seryny lub treoniny. Proces ten ma charakter dynamiczny i odwracalny, a podlegają mu białka wewnątrzkomórkowe: mitochondrialne, jądrowe oraz cytozolowe. W regulację cyklu O-GlcNAcylacji zaangażowane są dwa enzymy: O-GlcNAc transferaza (OGT), która katalizuje reakcję przyłączania reszt N-acetyloglukozaminy oraz β-N-acetyloglukozaminidaza (OGA), która odpowiada za usunięcie reszt GlcNAc. Białka O-GlcNAcylowane pełnią wiele istotnych funkcji w komórce jak np. regulacja cyklu komórkowego, przekazywanie sygnału, transkrypcje, translacje czy odpowiedź na stres komórkowy. Zaburzenia poziomu O-GlcNAcylacji białek obserwuje się w niektórych stanach patologicznych, takich jak cukrzyca, choroby neurodegeneracyjne czy nowotworzenie. Zmiany w poziomie O-GlcNAcylacji białek mogą mieć wpływ na proliferacje, angiogenezę, metastazę i inwazję komórek nowotworowych oraz pośrednio wpływać na wiele czynników istotnych w powstawaniu i rozwoju nowotworu. Praca przedstawia próbę identyfikacji białek O-GlcNAcylowanych oraz miejsc glikozylacji w komórkach czerniaka metastatycznej linii WM226-4. W tym celu białka ekstraktu komórkowego poddano trypsynizacji, następnie immunoprecypitacji przeciwciałami rozpoznającymi resztę O-GlcNAc. O- GlcNAcylowane peptydy tryptyczne badano metodą tandemowej spektrometrii mas sprzężonej z chromatografią cieczową, a otrzymane wyniki analizowano przy użyciu technik bioinformatycznych. Zidentyfikowano 129 (w tym 77 nowych) białek ulegających O-GlcNAcylacji oraz jednoznacznie zmapowano 45 miejsc przyłączenia reszty GlcNAc. Wśród nich można wyróżnić wiele białek ważnych dla procesu nowotworzenia w tym białka szlaków energetycznych, białka uczestniczące w metabolizmie, białka biorące udział w ich fałdowaniu, składniki cytoszkieletu, chaperony oraz czynniki transkrypcyjne. Co ważne wg bazy dbDEPC 3.0, około 30% genów dla zidentyfikowanych białek wykazuje zmienną ekspresję w czerniaku, co sugeruje, że są one istotne w progresji tego nowotworu.pl
dc.affiliationWydział Biologiipl
dc.areaobszar nauk przyrodniczychpl
dc.contributor.advisorHoja-Łukowicz, Dorota - 128335 pl
dc.contributor.authorKaczmarczyk, Katarzynapl
dc.contributor.departmentbycodeUJK/WBNOZpl
dc.contributor.reviewerHoja-Łukowicz, Dorota - 128335 pl
dc.contributor.reviewerKołaczkowska, Elżbieta - 129011 pl
dc.date.accessioned2020-07-27T22:01:56Z
dc.date.available2020-07-27T22:01:56Z
dc.date.submitted2019-07-01pl
dc.fieldofstudybiologiapl
dc.identifier.apddiploma-130153-195655pl
dc.identifier.projectAPD / Opl
dc.identifier.urihttps://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/233311
dc.languagepolpl
dc.subject.englycosylation, LC/MS/MS, melanoma, metastasis, O-GlcNAcylation, WM226-4pl
dc.subject.plczerniak, glikozylacja, LC/MS/MS, metastaza, O-GlcNAcylacja, WM226-4pl
dc.titleIdentyfikacja O-GlcNAcylowanych białek w czerniaku. Mapowanie miejsc glikozylacjipl
dc.title.alternativeIdentification of O-GlcNAcylated proteins in melanoma. Mapping of glycosylation sitespl
dc.typemasterpl
dspace.entity.typePublication
dc.abstract.enpl
Melanoma is derived from cancer-transformed pigment cells. The disease is often diagnosed in the metastatic phase, hence the high mortality of patients. O-GlcNAcylation is a post-translational modification of proteins involving the addition of a single β-N-acetylglucosamine (GlcNAc) residue by an O-glycosidic linkage to serine or threonine. This process is dynamic and reversible, and it is subject to intracellular proteins: mitochondrial, nuclear and cytosolic. Two enzymes are involved in regulation of the O-GlcNAcylation cycle: O-GlcNAc transferase (OGT), which catalyzes the attachment of N-acetylglucosamine residues and β-N-acetylglucosaminidase (OGA), which is responsible for the removal of GlcNAc residues. O-GlcNAcylated proteins play many important functions in the cell, such as cell cycle regulation, signal transduction, transcription, translation or response to cellular stress. Protein O-GlcNA protein abnormalities are observed in some disease, such as diabetes, neurodegenerative diseases or cancer. Changes in the O-GlcNAcylation level of proteins may have an effect on proliferation, angiogenesis, metastasis and invasion of cancer cells, and indirectly affect many factors important in the formation and development of cancer. This paper presents an attempt to identify O-GlcNAcylated proteins and glycosylation sites in WM226-4 metastatic melanoma cells. To this aim, the cell extract proteins were trypsinized, followed by immunoprecipitation with antibodies recognizing the O-GlcNAc residue. O-GlcNAcillated tryptic peptides were analyzed by tandem liquid chromatography-mass spectrometry and the obtained results were analyzed using bioinformatics techniques. 129 (including 77 new) O-GlcNAcylation proteins were identified and 45 sites of the GlcNAc residue attachment were clearly mapped. Among them, there are many proteins important for the neoplastic process, including energy pathway proteins, proteins participate in metabolism, proteins involved in their folding, cytoskeletal components, chaperones and transcription factors. Importantly, according to dbDEPC 3.0, about 30% of genes for identified proteins show variable expression in melanoma, which suggests that they are important in the progression of this cancer.
dc.abstract.plpl
Czerniak wywodzi się ze zmienionych nowotworowo komórek barwnikowych. Choroba jest często diagnozowana w fazie przerzutu, stąd wysoka śmiertelność pacjentów. O-GlcNAcylacja to potranslacyjna modyfikacja białek, polegająca na dołączeniu pojedynczej reszty β-N-acetyloglukozaminy (GlcNAc) wiązaniem O-glikozydowym do seryny lub treoniny. Proces ten ma charakter dynamiczny i odwracalny, a podlegają mu białka wewnątrzkomórkowe: mitochondrialne, jądrowe oraz cytozolowe. W regulację cyklu O-GlcNAcylacji zaangażowane są dwa enzymy: O-GlcNAc transferaza (OGT), która katalizuje reakcję przyłączania reszt N-acetyloglukozaminy oraz β-N-acetyloglukozaminidaza (OGA), która odpowiada za usunięcie reszt GlcNAc. Białka O-GlcNAcylowane pełnią wiele istotnych funkcji w komórce jak np. regulacja cyklu komórkowego, przekazywanie sygnału, transkrypcje, translacje czy odpowiedź na stres komórkowy. Zaburzenia poziomu O-GlcNAcylacji białek obserwuje się w niektórych stanach patologicznych, takich jak cukrzyca, choroby neurodegeneracyjne czy nowotworzenie. Zmiany w poziomie O-GlcNAcylacji białek mogą mieć wpływ na proliferacje, angiogenezę, metastazę i inwazję komórek nowotworowych oraz pośrednio wpływać na wiele czynników istotnych w powstawaniu i rozwoju nowotworu. Praca przedstawia próbę identyfikacji białek O-GlcNAcylowanych oraz miejsc glikozylacji w komórkach czerniaka metastatycznej linii WM226-4. W tym celu białka ekstraktu komórkowego poddano trypsynizacji, następnie immunoprecypitacji przeciwciałami rozpoznającymi resztę O-GlcNAc. O- GlcNAcylowane peptydy tryptyczne badano metodą tandemowej spektrometrii mas sprzężonej z chromatografią cieczową, a otrzymane wyniki analizowano przy użyciu technik bioinformatycznych. Zidentyfikowano 129 (w tym 77 nowych) białek ulegających O-GlcNAcylacji oraz jednoznacznie zmapowano 45 miejsc przyłączenia reszty GlcNAc. Wśród nich można wyróżnić wiele białek ważnych dla procesu nowotworzenia w tym białka szlaków energetycznych, białka uczestniczące w metabolizmie, białka biorące udział w ich fałdowaniu, składniki cytoszkieletu, chaperony oraz czynniki transkrypcyjne. Co ważne wg bazy dbDEPC 3.0, około 30% genów dla zidentyfikowanych białek wykazuje zmienną ekspresję w czerniaku, co sugeruje, że są one istotne w progresji tego nowotworu.
dc.affiliationpl
Wydział Biologii
dc.areapl
obszar nauk przyrodniczych
dc.contributor.advisorpl
Hoja-Łukowicz, Dorota - 128335
dc.contributor.authorpl
Kaczmarczyk, Katarzyna
dc.contributor.departmentbycodepl
UJK/WBNOZ
dc.contributor.reviewerpl
Hoja-Łukowicz, Dorota - 128335
dc.contributor.reviewerpl
Kołaczkowska, Elżbieta - 129011
dc.date.accessioned
2020-07-27T22:01:56Z
dc.date.available
2020-07-27T22:01:56Z
dc.date.submittedpl
2019-07-01
dc.fieldofstudypl
biologia
dc.identifier.apdpl
diploma-130153-195655
dc.identifier.projectpl
APD / O
dc.identifier.uri
https://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/233311
dc.languagepl
pol
dc.subject.enpl
glycosylation, LC/MS/MS, melanoma, metastasis, O-GlcNAcylation, WM226-4
dc.subject.plpl
czerniak, glikozylacja, LC/MS/MS, metastaza, O-GlcNAcylacja, WM226-4
dc.titlepl
Identyfikacja O-GlcNAcylowanych białek w czerniaku. Mapowanie miejsc glikozylacji
dc.title.alternativepl
Identification of O-GlcNAcylated proteins in melanoma. Mapping of glycosylation sites
dc.typepl
master
dspace.entity.type
Publication
Affiliations

* The migration of download and view statistics prior to the date of April 8, 2024 is in progress.

Views
20
Views per month
Views per city
Warsaw
5
Krakow
2
Olsztyn
2
Rostov-on-Don
2
Wroclaw
2
Brisbane
1
Chorzów
1
Dublin
1
Torun
1
Zabrze
1

No access

No Thumbnail Available