Oddziaływanie cytotoksycznych peptydów bakteryjnych z membranami lipidowymi badane metodą dynamiki molekularnej

master
dc.abstract.enThis study shed light on the interactions between PSMβ-2 protein and the surface of pure and cholesterol-enriched POPC membranes. It has been shown that the very organization of the protein on the surface can be related to the stiffness of the membranes and the availability of key acceptors of the membrane hydrogen bonds. The presence of PSMβ-2 protein may influence the interactions between POPC lipids and cholesterol. The results indicate that the adsorption potential of the protein may depend on the presence of cholesterol, which causes the ordering of POPC. In the N-terminal part of PSMβ-2 an intermediary loop was found in contact of the protein with POPC membrane. It was also found that the segment responsible for key dynamics and structure conformation is the short helix in the center of the sequence and its rich neighborhood of structural expressions.pl
dc.abstract.plNiniejsze badania rzuciły światło na to jakie oddziaływania występują pomiędzy białkiem PSMβ-2 a powierzchnią membran POPC czystych oraz wzbogaconych cholesterolem. Wykazano, że sama organizacja białka na powierzchni może być związana ze sztywnością membran oraz dostępnością do kluczowych akceptorów wiązań wodorowych membrany. Obecność białka PSMβ-2 może wpływać na oddziaływania pomiędzy lipidami POPC i cholesterolem. Wyniki wskazują, że możliwości adsorpcyjne białka mogą zależeć od obecności cholesterolu, który powoduje uporządkowanie POPC. W N-końcowej części PSMβ-2 znaleziono pętlę pośredniczącą w kontakcie białka z membraną POPC. Ustalono również, że segmentem odpowiedzialnym za kluczową dynamikę i konformację struktury jest krótka helisa w centrum sekwencji oraz jej bogate sąsiedztwo zwrotów strukturalnych.pl
dc.affiliationWydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanejpl
dc.areaobszar nauk ścisłychpl
dc.contributor.advisorJamróz, Dorota - 128440 pl
dc.contributor.authorRakowski, Kamilpl
dc.contributor.departmentbycodeUJK/WFAISpl
dc.contributor.reviewerJamróz, Dorota - 128440 pl
dc.contributor.reviewerKępczyński, Mariusz - 128750 pl
dc.date.accessioned2020-10-20T19:29:51Z
dc.date.available2020-10-20T19:29:51Z
dc.date.submitted2020-09-21pl
dc.fieldofstudyzaawansowane materiały i nanotechnologiapl
dc.identifier.apddiploma-141994-39075pl
dc.identifier.projectAPD / Opl
dc.identifier.urihttps://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/249245
dc.languagepolpl
dc.subject.enPOPC cholesterol molecular dynamics PSMβ-2 protein lipid membranes Staphylococcus aureus Gromacspl
dc.subject.plPOPC cholesterol dynamika molekularna PSMβ-2 białko membrany lipidowe Staphylococcus aureus Gromacspl
dc.titleOddziaływanie cytotoksycznych peptydów bakteryjnych z membranami lipidowymi badane metodą dynamiki molekularnejpl
dc.title.alternativeThe interaction of cytotoxic bacterial peptides with lipid membranes investigated by the molecular dynamics methodpl
dc.typemasterpl
dspace.entity.typePublication
dc.abstract.enpl
This study shed light on the interactions between PSMβ-2 protein and the surface of pure and cholesterol-enriched POPC membranes. It has been shown that the very organization of the protein on the surface can be related to the stiffness of the membranes and the availability of key acceptors of the membrane hydrogen bonds. The presence of PSMβ-2 protein may influence the interactions between POPC lipids and cholesterol. The results indicate that the adsorption potential of the protein may depend on the presence of cholesterol, which causes the ordering of POPC. In the N-terminal part of PSMβ-2 an intermediary loop was found in contact of the protein with POPC membrane. It was also found that the segment responsible for key dynamics and structure conformation is the short helix in the center of the sequence and its rich neighborhood of structural expressions.
dc.abstract.plpl
Niniejsze badania rzuciły światło na to jakie oddziaływania występują pomiędzy białkiem PSMβ-2 a powierzchnią membran POPC czystych oraz wzbogaconych cholesterolem. Wykazano, że sama organizacja białka na powierzchni może być związana ze sztywnością membran oraz dostępnością do kluczowych akceptorów wiązań wodorowych membrany. Obecność białka PSMβ-2 może wpływać na oddziaływania pomiędzy lipidami POPC i cholesterolem. Wyniki wskazują, że możliwości adsorpcyjne białka mogą zależeć od obecności cholesterolu, który powoduje uporządkowanie POPC. W N-końcowej części PSMβ-2 znaleziono pętlę pośredniczącą w kontakcie białka z membraną POPC. Ustalono również, że segmentem odpowiedzialnym za kluczową dynamikę i konformację struktury jest krótka helisa w centrum sekwencji oraz jej bogate sąsiedztwo zwrotów strukturalnych.
dc.affiliationpl
Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej
dc.areapl
obszar nauk ścisłych
dc.contributor.advisorpl
Jamróz, Dorota - 128440
dc.contributor.authorpl
Rakowski, Kamil
dc.contributor.departmentbycodepl
UJK/WFAIS
dc.contributor.reviewerpl
Jamróz, Dorota - 128440
dc.contributor.reviewerpl
Kępczyński, Mariusz - 128750
dc.date.accessioned
2020-10-20T19:29:51Z
dc.date.available
2020-10-20T19:29:51Z
dc.date.submittedpl
2020-09-21
dc.fieldofstudypl
zaawansowane materiały i nanotechnologia
dc.identifier.apdpl
diploma-141994-39075
dc.identifier.projectpl
APD / O
dc.identifier.uri
https://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/249245
dc.languagepl
pol
dc.subject.enpl
POPC cholesterol molecular dynamics PSMβ-2 protein lipid membranes Staphylococcus aureus Gromacs
dc.subject.plpl
POPC cholesterol dynamika molekularna PSMβ-2 białko membrany lipidowe Staphylococcus aureus Gromacs
dc.titlepl
Oddziaływanie cytotoksycznych peptydów bakteryjnych z membranami lipidowymi badane metodą dynamiki molekularnej
dc.title.alternativepl
The interaction of cytotoxic bacterial peptides with lipid membranes investigated by the molecular dynamics method
dc.typepl
master
dspace.entity.type
Publication

* The migration of download and view statistics prior to the date of April 8, 2024 is in progress.

Views
25
Views per month
Views per city
Glasgow
9
Chandler
3
Krakow
3
Wroclaw
2
Dublin
1
Limanowa
1
Warsaw
1
Zabrze
1

No access

No Thumbnail Available