Analysis of expression of HBL1 and other pluripotency-related lncRNAs in human iPSCs differentiating into cardiac and endothelial cells in vitro

master
dc.abstract.enStem cells are characterized by their wide differentiation potential into various tissues and cell types. Recent studies have shown that lncRNAs play an important role in regulation of several genes involved in various cell type specific processes such as stem cell pluripotency and differentiation. The goal of this study was to evaluate the expression profiles of HBL1 gene and pluripotency-related lncRNAs which may impact on the expression of this gene, during cardiac and endothelial differentiation. The expression of HBL1 and other selected lncRNAs was assessed using a RT-qPCR assay. Additionally, HBL1 localization was determined using RNA FISH and nuclear fractionation was used to define the cellular localization of other lncRNAs. The results confirmed the high expression of lncRNAs in pluripotent cells and decreased expression in differentiated cells. Interestingly, HBL1 and LINC00458 revealed similar mRNA expression profiles which postulate possible regulation by same transcription factors. The obtained data showed that HBL1 signal was detected in foci of both the nucleus and cytoplasm. However, there was no significant difference between localization of individual HBL1 isoforms in the nucleus and cytoplasm. Other lncRNAs localization was observed to be higher in the nucleus than the cytoplasm. The obtained results suggest that lncRNAs may influence differentiation of hiPSCs into cardiomyocytes and endothelial cells. We conclude that lncRNAs localization in the nucleus and cytoplasm may influence functional cellular processes.Future studies will provide insights into the regulation and functional significance of the dynamic and parallel expression profile of HBL1 and LINC00458.pl
dc.abstract.plKomórki macierzyste charakteryzują się dużym potencjałem różnicowania w różne tkanki i typy komórek. Ostatnie badania wykazały, że lncRNA odgrywają ważną rolę w regulacji kilku genów zaangażowanych w procesy specyficzne dla różnych typów komórek, takie jak pluripotencja i różnicowanie komórek macierzystych.Celem pracy była ocena profili ekspresji genu HBL1 i lncRNA związanych z pluripotencją, które mogą wpływać na ekspresję tego genu podczas różnicowania w kierunku kardiomiocytów oraz komórek śródbłonka. Ekspresję HBL1 i innych wybranych lncRNA oceniano w tym badaniu za pomocą testu RT-qPCR. Dodatkowo, lokalizację HBL1 określono za pomocą testu RNA FISH, a do określenia lokalizacji komórkowej lncRNA zastosowano wyizolowaną frakcję jądrową.Wyniki potwierdziły wysoką ekspresję lncRNA w komórkach pluripotencjalnych i zmniejszoną ekspresję w komórkach zróżnicowanych. Co ciekawe, HBL1 i LINC00458 wykazywały podobne profile ekspresji mRNA, co sugeruje ich możliwą regulację przez te same czynniki transkrypcyjne. Uzyskane dane wykazały, że sygnał HBL1 był wykrywany w skupiskach zarówno na terenie jądra, jak i cytoplazmy. Nie było jednak istotnej różnicy między lokalizacją poszczególnych izoform HBL1 w jądrze i cytoplazmie. Zaobserwowano, że lokalizacja innych lncRNA była wyższa w jądrze niż w cytoplazmie komórek. Uzyskane wyniki sugerują, że cząsteczki lncRNA mogą wpływać na różnicowanie hiPSC do kardiomiocytów i komórek śródbłonka. Sądzimy, że lokalizacja lncRNA w jądrze oraz cytoplazmie może wpływać na regulację różnych procesów funkcjonalnych w komórce.Przyszłe badania dostarczą informacji na temat regulacji i funkcjonalnego znaczenia dynamicznego i równoległego profilu ekspresji HBL1 i LINC00458.pl
dc.affiliationUniwersytet Jagielloński w Krakowiepl
dc.contributor.advisorZuba-Surma, Ewapl
dc.contributor.authorAronimo, Faithpl
dc.contributor.departmentbycodeUJK/UJKpl
dc.contributor.reviewerZuba-Surma, Ewapl
dc.contributor.reviewerKędracka-Krok, Sylwia - 128739 pl
dc.date.accessioned2022-10-04T21:46:13Z
dc.date.available2022-10-04T21:46:13Z
dc.date.submitted2022-10-04pl
dc.fieldofstudyMolecular Biotechnologypl
dc.identifier.apddiploma-162674-286238pl
dc.identifier.urihttps://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/300836
dc.languageengpl
dc.subject.enstem cell differentiation, iPSCs, lncRNAs, HBL1 in cardiomyogenesispl
dc.subject.plróżnicowanie komórek macierzystych, iPSCs, lncRNAs, HBL1 w kardiomiogeneziepl
dc.titleAnalysis of expression of HBL1 and other pluripotency-related lncRNAs in human iPSCs differentiating into cardiac and endothelial cells in vitropl
dc.title.alternativeAnaliza ekspresji HBL1 i innych lncRNA związanych z pluripotencją w ludzkich iPSC różnicujących do kardiomiocytów i komórek śródbłonka in vitropl
dc.typemasterpl
dspace.entity.typePublication
dc.abstract.enpl
Stem cells are characterized by their wide differentiation potential into various tissues and cell types. Recent studies have shown that lncRNAs play an important role in regulation of several genes involved in various cell type specific processes such as stem cell pluripotency and differentiation. The goal of this study was to evaluate the expression profiles of HBL1 gene and pluripotency-related lncRNAs which may impact on the expression of this gene, during cardiac and endothelial differentiation. The expression of HBL1 and other selected lncRNAs was assessed using a RT-qPCR assay. Additionally, HBL1 localization was determined using RNA FISH and nuclear fractionation was used to define the cellular localization of other lncRNAs. The results confirmed the high expression of lncRNAs in pluripotent cells and decreased expression in differentiated cells. Interestingly, HBL1 and LINC00458 revealed similar mRNA expression profiles which postulate possible regulation by same transcription factors. The obtained data showed that HBL1 signal was detected in foci of both the nucleus and cytoplasm. However, there was no significant difference between localization of individual HBL1 isoforms in the nucleus and cytoplasm. Other lncRNAs localization was observed to be higher in the nucleus than the cytoplasm. The obtained results suggest that lncRNAs may influence differentiation of hiPSCs into cardiomyocytes and endothelial cells. We conclude that lncRNAs localization in the nucleus and cytoplasm may influence functional cellular processes.Future studies will provide insights into the regulation and functional significance of the dynamic and parallel expression profile of HBL1 and LINC00458.
dc.abstract.plpl
Komórki macierzyste charakteryzują się dużym potencjałem różnicowania w różne tkanki i typy komórek. Ostatnie badania wykazały, że lncRNA odgrywają ważną rolę w regulacji kilku genów zaangażowanych w procesy specyficzne dla różnych typów komórek, takie jak pluripotencja i różnicowanie komórek macierzystych.Celem pracy była ocena profili ekspresji genu HBL1 i lncRNA związanych z pluripotencją, które mogą wpływać na ekspresję tego genu podczas różnicowania w kierunku kardiomiocytów oraz komórek śródbłonka. Ekspresję HBL1 i innych wybranych lncRNA oceniano w tym badaniu za pomocą testu RT-qPCR. Dodatkowo, lokalizację HBL1 określono za pomocą testu RNA FISH, a do określenia lokalizacji komórkowej lncRNA zastosowano wyizolowaną frakcję jądrową.Wyniki potwierdziły wysoką ekspresję lncRNA w komórkach pluripotencjalnych i zmniejszoną ekspresję w komórkach zróżnicowanych. Co ciekawe, HBL1 i LINC00458 wykazywały podobne profile ekspresji mRNA, co sugeruje ich możliwą regulację przez te same czynniki transkrypcyjne. Uzyskane dane wykazały, że sygnał HBL1 był wykrywany w skupiskach zarówno na terenie jądra, jak i cytoplazmy. Nie było jednak istotnej różnicy między lokalizacją poszczególnych izoform HBL1 w jądrze i cytoplazmie. Zaobserwowano, że lokalizacja innych lncRNA była wyższa w jądrze niż w cytoplazmie komórek. Uzyskane wyniki sugerują, że cząsteczki lncRNA mogą wpływać na różnicowanie hiPSC do kardiomiocytów i komórek śródbłonka. Sądzimy, że lokalizacja lncRNA w jądrze oraz cytoplazmie może wpływać na regulację różnych procesów funkcjonalnych w komórce.Przyszłe badania dostarczą informacji na temat regulacji i funkcjonalnego znaczenia dynamicznego i równoległego profilu ekspresji HBL1 i LINC00458.
dc.affiliationpl
Uniwersytet Jagielloński w Krakowie
dc.contributor.advisorpl
Zuba-Surma, Ewa
dc.contributor.authorpl
Aronimo, Faith
dc.contributor.departmentbycodepl
UJK/UJK
dc.contributor.reviewerpl
Zuba-Surma, Ewa
dc.contributor.reviewerpl
Kędracka-Krok, Sylwia - 128739
dc.date.accessioned
2022-10-04T21:46:13Z
dc.date.available
2022-10-04T21:46:13Z
dc.date.submittedpl
2022-10-04
dc.fieldofstudypl
Molecular Biotechnology
dc.identifier.apdpl
diploma-162674-286238
dc.identifier.uri
https://ruj.uj.edu.pl/xmlui/handle/item/300836
dc.languagepl
eng
dc.subject.enpl
stem cell differentiation, iPSCs, lncRNAs, HBL1 in cardiomyogenesis
dc.subject.plpl
różnicowanie komórek macierzystych, iPSCs, lncRNAs, HBL1 w kardiomiogenezie
dc.titlepl
Analysis of expression of HBL1 and other pluripotency-related lncRNAs in human iPSCs differentiating into cardiac and endothelial cells in vitro
dc.title.alternativepl
Analiza ekspresji HBL1 i innych lncRNA związanych z pluripotencją w ludzkich iPSC różnicujących do kardiomiocytów i komórek śródbłonka in vitro
dc.typepl
master
dspace.entity.type
Publication
Affiliations

* The migration of download and view statistics prior to the date of April 8, 2024 is in progress.

Views
2
Views per month
Views per city
Tuscaloosa
1

No access

No Thumbnail Available
Collections