Poznanie sekwencji DNA a następnie analiza jej konkretnych elementów jest głównym celem badania genomów. Dzięki temu możliwa jest lokalizacja genów i innych interesujących fragmentów sekwencji. Samo sekwencjonowanie jest jednak bezwartościowe, do momentu uporządkowania jego wyników, polegającego na złożeniu sekwencji w kontigi, pogrupowaniu a następnie połączeniu w celu otrzymania całkowitego obrazu sekwencji chromosomu oraz plazmidów. Aby w pełni zrozumieć zawartość genomu oraz funkcje poszczególnych elementów konieczne jest połączenie analizy komputerowej i eksperymentalnej. W ciągu ostatnich kilkunastu lat, dzięki rozwojowi metod sekwencjonowania całego genomu, dokonano olbrzymich postępów w badaniach nad ewolucją patogenów bakteryjnych oraz nad ich mechanizmami działania. Jednymi z najbardziej interesujących bakterii, z punktu widzenia medycznego oraz badań naukowych są gronkowce, a szczególnie szczepy gatunku Staphylococcus aureus. Bakterie gronkowca złocistego są ważnym składnikiem mikroflory skóry ludzi i zwierząt, mimo to mogą stać się główną przyczyną, zagrażających życiu zakażeń. Wykazano, że szczepy ludzkie i zwierzęce są genetycznie odrębne, oraz ustalono, że S. aureus może się przemieszczać między gatunkami. Organizm ten produkuje wiele specyficznych czynników wirulencji, które mogą odpowiadać za ułatwienie kolonizacji gospodarza oraz wywołanie infekcji. Ponadto szczepy S. aureus wykazują rosnącą lekooporność. W oparciu o powyższe doniesienia w niniejszej pracy magisterskiej podstawę badań stanowił, wykazujący wirulencję w modelu zarodka kurzego, szczep S. aureus CH21 izolowany ze zmian chorobowych u drobiu. Podjęto próbę złożenia genomu wspomnianego szczepu w oparciu o odczyty sekwencji uzyskane z sekwencjonowania drugiej generacji (Illumina ®). Praca opiera się na analizie komputerowej otrzymanych z sekwencjonowania wyników oraz uzupełnianiu danych bioinformatycznych, danymi eksperymentalnymi. Podjęte działania laboratoryjne sprowadzają się do projektowania starterów a następnie wykonaniu z ich użyciem reakcji PCR i standardowego sekwencjonowania. W wyniku czego otrzymano sekwencję chromosomu S. aureus CH21 w postaci sześciu kontigów oraz otrzymano pełną sekwencję plazmidu pAvX.

Understanding DNA sequences and then analysis of its specific elements is the main purpose of study genomes. This enables location of genes and other interesting sequence fragments. Sequencing, however, is worthless, until the arrangement of the results, consisting of submitting sequence contigs, grouping them and then combining to obtain a complete picture of the sequence of the chromosome and plasmids. To fully understand the contents of the genome and the functions of individual elements it is necessary to connect computer with experimental analysis. Over the past several years, thanks to the development of whole genome sequencing methods, great progress has been made in the study of the evolution of bacterial pathogens and on their mechanisms of action. From the point of medical and scientific research view, the most interesting bacteria among the others are staphylococci, especially strains of Staphylococcus aureus. The bacteria are a major component of humans and animals skin microflora -despite the fact it may become a major cause life-threatening infections. It was shown that human or animal strains are genetically distinct, and it was found that S. aureus can transfer between species. This organism produces a number of specific virulence factors that may be responsible for facilitating the colonization of the host and calling infections. In addition, S. aureus strains show increasing drug resistance.The above described reports were the basis for studying S. aureus strain CH21, isolated from lesions in poultry and exhibiting virulence in chicken embryo model . An attempt was made to obtain a genome sequence of mentioned strain based on data derived from next-generation sequencing (Illumina ®). The work is based on computer analysis of results obtained from sequencing and complement bioinformatics data, the experimental data. Undertaken laboratory activities come down to design primers in order to use them to PCR reaction and standard Sanger sequencing.As a result, the sequence of S. aureus CH21 chromosome, in a form of six contigs, and the full sequence of plasmid pAvX was received.